Загадкой Благовещенского собора является и таинственная железная дверь. В 1894 году кто-то рассказал академику А. И. Соболевскому о том, что один из соборных сторожей спускался в подпол собора и обнаружил там коридор с запертой дверью. Спустя некоторое время, по сообщению журнала «Археологические известия и заметки…» (63), Н. С. Щербатов «наводил справки у сторожей, которые живут много лет в подклетах Благовещенского собора, о коридоре с железными дверями в конце его, но никто ничего подобного не видал. […] Фундамент нижнего этажа собора, древнейшей белокаменной кладки, заложен на 1,5 аршина ниже Соборной площади, а кирпичной кладки (времен Грозного) на 2 аршина с небольшим ниже того же уровня».
Рассказ сторожа о железной двери мог быть одной из «подземных» легенд Кремля. Однако в том же 1894 году в статье в «Новом времени», посвященной подземному Кремлю, об этой двери упоминает автор, укрывшийся за инициалами М. И. П.: «Говоря о подземельях при Архангельском соборе, протоиерей Лебедев описывает один подвал, который подходит под мостовую дорогу; по его своду ездят и ходят; в последнем открыта в 1864 году из-под мусора довольно широкая из белого камня лестница, выходившая на поверхность земли чрез скрытое на мостовой отверстие, заложенное впоследствии чугунной плитою и замощенное камнем. Эта лестница была очищена от щебня только ступеней на пятнадцать и затем опять заложена. Заложенный снаружи плитою выход из под вала по лестнице выходил против ризницы Благовещенского собора, где также были свои тайники. В одном из описанных подвалов была открыта железная дверь, мерою ниже среднего роста человека, с огромным висячим замком; она была засыпана мусором провалившегося в коридор свода по случаю постановления в 1835 году чугунной решетки от Архангельского к Благовещенскому собору, и железная дверь, без сомнения, служила сообщением с другими подземельями».
Итак, железная дверь не миф, и располагается она где-то между Благовещенским и Архангельским соборами. Пространство это, по словам архитектора В. И. Федорова, совершенно не изучено, и при раскопках здесь могут быть значительные находки. Н. С. Щербатов, заложив тут траншею, нашел стены Казенного двора, построенного в 1484 году Марко Фрязином для хранения великокняжеских сокровищ. Археолог собирался определить глубину заложения фундаментов казнохранилища и раскопать его подземелья, из которых должен быть выход в Благовещенский собор. Но сделать это не удалось из-за нехватки времени.
Обратимся к Архангельскому собору, усыпальнице московских князей и царей, возведенному Алевизом Новым в 1505–1508 годах. Кроме подвала с белокаменной лестницей, о котором упоминал М. И. П., вокруг собора находили и другие подземелья. В 1826 году у южной стены собора, на месте, где стояла некогда Судная изба (палата) Архангельской вотчины, обнаружили два больших сводчатых подвала, один из них имел заложенные окна с железными решетками и ставнями. Ходили слухи, что какое-то из этих окон служит лазом в тайный ход к Боровицкой башне. На самом деле до XVIII века окна подвалов выходили на Москву-реку в обрыве Боровицкого холма. В 1773 году, когда расчищали место для баженовского дворца, склон этот начал оползать, пришлось сделать подсыпку и нарастить его, при этом окна подвалов оказались под землей. В старину эти подвалы служили тюрьмой для неплательщиков соборных оброков. Какое-то время в них сохранялся так называемый исправительный стул — толстый обрубок бревна, к которому приковывали цепями сидящего на нем человека. Целы эти подземелья и сейчас. Судьба судила им стать некрополем. В 1929 году при разрушении Вознесенского монастыря (64) сотрудники Музеев Кремля спасли саркофаги с останками московских княгинь и цариц и перевезли их в подземелья Судной палаты.