В подземелья Кремля археологу удалось попасть в 1911 году. Даже поверхностный осмотр Угловой Арсенальной башни показал — раскопки надо начинать именно отсюда; ход, по которому в XVII веке прошел дьяк Макарьев, непременно приведет к аристотелевскому книжному сейфу.
В следующем, 1912 году Стеллецкий участвует в создании Музея Отечественной войны 1812 года в Арсенале. Обследуя подвалы Арсенала, где в то время велись земляные работы, на глубине одного метра он обнаружил кирпичный свод тайного хода. Но, к сожалению, Игнатий Яковлевич не имел разрешения на вскрытие тайника (93). Воспользовавшись приближением 300-летнего юбилея дома Романовых, археолог подает прошение на имя императора Николая II и просит разрешить поиски в Кремле царской либереи. Ответ пришел через год от Императорской археологической комиссии: «[…] Комиссия имеет честь уведомить Вас, милостивый государь, что проекту розыскания библиотеки Иоанна Грозного на средства Государственного казначейства не может быть дано дальнейшего движения вперед впредь до представления Вами сколько-нибудь точных прсдположений о месте, где могла сохраняться названная библиотека».
В 1914 году при помощи Московского архива Министерства юстиции Стеллецкий получил разрешение дворцового управления на осмотр подземелий Угловой Арсенальной и Тайницкой башен. 26 июля он приступает к работе, а спустя пять дней начинается первая мировая война. Из западных районов в Кремль эвакуируется имущество царских дворцов, и Стеллецкий вынужден прекратить свои исследования.
В 1924 году Игнатий Яковлевич встречается с Н. С. Щербатовым (последний служил комендантом в бывшем доме Археологического общества). Но получить от него фотографии подземелий Кремля, как и записи о раскопках, Стеллецкий не смог — сразу после октябрьской революции их позаимствовало «под честное слово» ЧК. Летом того же года в Историческом музее состоялось два диспута, на которых обсуждался один и тот же вопрос: надо ли искать библиотеку Ивана Грозного? Вопрос о поисках либереи так и остался нерешенным, а вот за исследование подземного Кремля проголосовало большинство присутствовавших (А. И. Соболевский, Н. П. Лихачев (94), П. Н. Миллер (95), А. В. Щусев и другие). При этом Н. Д. Виноградов высказал уверенность, что подземные ходы Московского Кремля находятся в прекрасной сохранности: «Исследование подземного Кремля представляется целесообразным тем более, что, как установлено, под слоем с водой идет сухой песок, без воды, в нем-то и заложены подземные ходы под слоем глины, не пропускавшей воду».