Но одно дело принять решение, другое — добиться от властей позволения на работы в Кремле. Считая, что капля камень точит, Игнатий Яковлевич год за годом писал обращения в Моссовет, Наркомпрос. ЦИК, Совнарком и, наконец, в 1933 году подал докладную записку И. В. Сталину. И археологу позволили начать раскопки. Добавим, что Стеллецкий просил разрешения не на исследование подземного Кремля, а именно на поиски библиотеки Ивана Грозного.
Стеллецкий был уверен: Сталин лично заинтересован в обнаружении царской библиотеки. Но все обстояло иначе.
Подземные ходы уже в 1918 году занимали новых хозяев Кремля. В апреле, через месяц после переезда советского правительства в Москву, В. И, Ленин отдает распоряжение об обследовании подземелий и подземных ходов коменданту Кремля П. Д. Малькову. Затем с целью поисков тайников архитектор И. Е. Бондаренко осмотрел стены и башни. Он добросовестно описал существовавшие тайники и указал, что все они замурованы и засыпаны.
В 1920 году комендантом Московского Кремля стал Р. А. Петерсон. Его, как и Малькова, также волновало существование каких-то неведомых ходов под правительственной резиденцией. Он обращался за справками к историкам, те отвечали: за века почва перерыта, тайники перерезаны и проникнуть по ним в Кремль невозможно.
В конце 1920-х годов внимание Петерсона привлекли выступления И. Я. Стеллецкого в Политехническом музее и в печати, посвященные подземной Москве. Комендант стал знакомиться со статьями археолога перед их опубликованием, иногда препятствовал изданию того или иного материала. Как впоследствии он объяснял Стеллецкому: «Потому, понимаете сами, комендант обязан охранять Кремль, кто-нибудь подберется, взорвет…»
Именно эти опасения и заставили Р. А. Петерсона в 1929 году развернуть деятельность по засыпке колодца в Тайницкой башне, замуровке нижних палат в Троицкой башне и пр. В том же году, когда на месте уничтоженного Чудова монастыря начали строить школу красных командиров, по приказу коменданта в поисках ходов была прокопана траншея от Спасской до Никольской башни. Тайников здесь не нашли. Тогда Петерсон задумал провести траншею от Водовзводной до Беклемишевской башни, но тут вмешался А. С. Енукидзе, полагавший, что в Кремле и без того достаточно «канав» (96).
Наряду с подземными ходами коменданта весьма тревожили частые провалы в Кремле. Беспокоило Петерсона и состояние Арсенала: мало того, что в его стенах имелись многочисленные трещины, внезапно в одном из помещений первого этажа пол оторвался от стены и опустился почти на метр. Под ним была какая-то пустота.