Активизация американской бомбардировочной авиации, действовавшей преимущественно днем, вынудила с начала 1943 г. применять ночные истребители и против них. Первый такой бой состоялся 4 февраля, когда на перехват 86 американских бомбардировщиков с аэродрома Леуварден взлетели 8 Bf 110G из IV/NJG 1, ведомые гауптманом Гансом-Иоахимом Ябсом (Hans-Joachim Jabs), ветераном боев во Франции и «Битвы за Британию». Истребители сбили 3 бомбардировщика, но от оборонительного огня все 8 машин получили повреждения и не смогли подняться в воздух следующей ночью на перехват британских «бомберов».
Для облегчения действий в дневное время со средины 1943 г. Bf 110 вооружали 210-мм НАР. Удачный ракетный залп позволял разбить оборонительный порядок бомбардировщиков, после чего истребители получали возможность действовать более свободно. Однако главным для «ночников» оставались действия в темное время суток. Представление о соотношении дневных и ночных операций может дать статистика побед. Так, экипажи эскадры NJG 1 за время войны заявили о 2173 сбитых вражеских самолетах ночью и лишь о 145 – днем.
Более интенсивно летали днем включенные в систему ПВО рейха группы «церштереров», вооруженные модификациями Bf 110 без радара. В 1943 г. им удалось добиться заметных успехов, но с начала 1944 г. американцы стали использовать истребители сопровождения Р-51 «Мустанг», в боях с которыми «сто десятые» не имели практически никаких шансов. Баланс потерь стал меняться отнюдь не в пользу люфтваффе. Например, 22 февраля 1944 г. жертвами Bf 110 из III/ZG 26 стали две «летающие крепости», но за это пришлось заплатить восемью «церштерерами», погибли 4 члена экипажей.
Большие потери отрицательно сказывались на моральном состоянии летного состава. Накануне вылета 6 марта группа III/ ZG 26 располагала всего девятью исправными «церштерерами». Ее командир м-р Ганс Коглер (Hans Kogler), видя подавленное состояние своих подчиненных, вместо привычной процедуры назначения на вылет решил вызвать добровольцев. Но таковых не оказалось. «Что ж, взлетаю один…», – заявил Коглер, и лишь тогда начали подниматься руки. Все понимали, что при встрече с «Мустангами» шансы дожить до вечера будут мизерными. В бою удалось сбить по одному В-17 и Р-51, но группа потеряла 5 Bf 110G и пятерых авиаторов. Самолет Коглера получил повреждения, а при посадке на обледеневшую полосу выскочил за ее пределы и скапотировал. Экипаж чудом выжил.
Подобным образом обстояли дела и в других группах «церштереров». Так, I/ZG 76 в бою 6 марта потеряла 4 Bf 110, сумев сбить лишь 2 В-17. Настоящую «резню» «Мустанги» устроили 16 марта, когда из 43-х поднявшихся в воздух самолетов эскадры ZG 76 было сбито 26. С того момента «сто десятые» прекратили участие в дневных боях над рейхом. К июню 1944 г. дневные модификации Bf 110 сохранялись только в составе группы II/ZG 1, в последний раз применившей их в боях над Будапештом.