Поэтому здесь не применялись обычные способы судовождения, так как, прежде чем идти по фарватеру, его требовалось отыскать. Что позволял только солидный опыт плавания, дававшийся с годами, требовавший напряжения зрения и памяти при наличии особого лоцманского чутья. Фарватер определяли по цвету воды. Будучи грязно-коричневой вообще, на глубоких и мелких местах она принимает различные оттенки. Сообразуясь со световым освещением дня, направлением течения, размером бурунов и другими признаками, лоцманы определяли курс. Вечером, с наступлением темноты пароходы приставали к берегу и вставали на швартовы до рассвета. Только в очень редких случаях плавание совершалось ночью, и то не на всех участках.
При таком индивидуальном характере судовождения посадки на мель происходили не только из-за перекатов, оползания берегов и скорости течения, доходящей до 16 км/ч, но и из-за ошибки лоцмана. Кстати сказать, перекаты, как и все на Амударье, носят временный характер, они ползут, смываются, вырастают выше или ниже, не имеют определенной глубины и так далее.
Река зачастую играла злые шутки с судоводителями. Академик А. Н. Крылов в своих воспоминаниях описал курьезный случай, когда один из пароходов во время разлива сел на мель в 100 м. от берега, не успел вовремя сняться и оказался среди песков. Так как якорь при этом был отдан и судно находилось «под вымпелом», то команда регулярно получала «морское довольствие по положению». Вахтенный журнал велся очень аккуратно под общим заголовком: «Стоя на якоре близ кишлака Абдул Чекмень, с полудня случаи». Такое плавание «посуху, яко по морю», продолжалось более двух лет, пока из Петербурга не нагрянуло какое-то «начальствующее лицо», возбудившее против командира и офицеров «судное дело». Однако при разбирательстве постановку на мель отнесли к «неизбежным случайностям». В остальном же командир отговорился тем, что на Аму-дарье случаются совершенно неожиданные паводки, и он держал вверенный ему пароход в постоянной готовности при первом же случае сняться с мели. Служба протекала во всем согласно морскому уставу, а довольствие производилось во всем согласно уставу счетному. Состава преступления суд не нашел, все были оправданы, и дело прекращено.
Корабельный состав флотилии постепенно нарастал. К концу 1901 г. на Амударье служили: 6 колесных пароходов, 2 паровых катера и 13 баржей при 1390 человек команды и 19 офицерах. Личный состав с 1894 г. набирался исключительно из сухопутных войск. На этом постройка судов закончилась, если не считать того, что в 1915 г. флотилия собственными силами установила нефтяной двигатель на барже «Верный» (переименованной в «Теплоход»). В Чарджуе находились мастерские и стапеля, достаточные для производства капитального ремонта судов, а также для их постройки. Кроме того, имелись береговые и плавучие нефтехранилища. Вследствие постоянных и быстрых изменений очертаний берегов пристаней как таковых не было. Пароходы и баржи притыкались в любом удобном месте и грузились самым первобытным способом.