В немецкой литературе тех лет нашествие расценивали как кару Божью. К этому времени Ливония разорилась, воинский дух рыцарей исчез, а безбрачие выродилось в разврат. Роскошь и разнузданные оргии элиты повергли подвластный ей народ в нищету и уныние. Боевая машина ордена давно потеряла значение, тратить собственные денежки на наемников рыцари не хотели, а бесправные подданные не могли и не хотели платить налоги.
В конце 1557 г. московская конница хана Шах-Али вторглась в пределы ордена. В страшной резне гибли женщины, изнасилованные до смерти, дети, вырванные из чрева матерей, и горели жилища. Войны везде были отвратительны, и дисциплинированные бойцы герцога Альбы не уступали черемисам Шах-Али, которые, насытив свою похоть с наиболее красивыми пленницами, привязывали их к дереву и упражнялись в стрельбе по живым мишеням.
На протяжении почти 200 км захватчики не встретили сопротивления, и черемисы легко разгоняли слабые отряды ливонцев. Шах-Али, собрав громадную добычу, в январе 1558 г. согласился на перемирие.
В мае 1558 г. войска Москвы взяли старый торговый город Нарву, и Грозный получил выход в Балтику. Так как опричники уже уничтожили мореходов Новгорода, то купцы Ливонии сохранили за собой право на беспошлинную торговлю по всей Руси и с Ганзой.
От первоначальных успехов в Ливонии у царя голова пошла кругом, и он, уже считая захваченные земли своими, союзному королю Дании, претендовавшему на Эстонию, ответил, что 500 лет тому назад Ярослав Мудрый приобрел более серьезные права, построив Юрьев (ныне Тарту). При этом следует напомнить, что Юрьев ранее был пригородом Пскова.
Пока союзники делили предполагаемый трофей, в 1561 г. орден пал, и Ливония отошла к Польше, а герцогство Курляндия стало её вассалом. Эстония вместе с Юрьевом перешла к Швеции, а остров Эзель — к Дании.
Так победа над меченосцами не обеспечила захват так нужных Москве земель, на которых успели закрепиться Швеция и Польша. И с этого времени Москве уже пришлось воевать со Швецией и Польшей.
После унизительного поражения царь занялся реформой управления и в 1565 г. разделил государство на две части — земщину и опричнину. Из них первая оставалась под властью бояр, а во второй же правил царь во главе опричников-дворян. Цель реформы заключалась в укреплении вертикали власти, как бы сейчас сказали.
Иван IV создал для своей охраны опричное войско, призванное искоренять коррупцию, предательство и ересь. Опричники, которых некоторые современники двусмысленно называли кромешниками, получали особое право расследовать и арестовывать любого по упрощенной юридической форме, а то и вовсе без нее. Царь выселил многих бояр на окраины, а отнятые вотчины с. крестьянами давал опричниками, исповедовавшим своеобразный аскетизм, прерываемый оргиями и садизмом. Одетые в длинные черные плащи, они скакали на черных лошадях, почти как монахи, которых проверяли на честность и порядочность. Для этого во дворе стоял ящик для доносов.