Исследование дальних побережий шло в самой Сибири на ладьях и кочах. В 1648 г. казак Дежнев с флотилией из 7 судов, выйдя из устья Колымы, обошел северо-восток Азии. Так, задолго до рождения Беринга Дежнев прошел через пролив, носящий имя этого мореплавателя.
В 1644 г. из Енисейска на разведку серебра ушли 100 казаков атамана И. Колесникова. В 1647 г. атаман дошел до реки Ангары, заложил Ангарский острог, перезимовал и вернулся домой.
На смену ему ушел сын боярский Иван Похабов, построивший в 1652 г. в устье реки Иркут ясачное зимовье для надзора за бурятами Ангары. Затем из этого зимовья вырос современный Иркутск.
В 1655 г. форпостом освоения новых земель Забайкалья стал Нелюдский острог (будущий Нерчинск), основанный воеводой Енисея А. Пашковым.
В 1666 г. для управления и защиты хоринских бурят, перешедших от власти монголов под руку царя Москвы, казаки и охочие люди возвели Селенгинский острог.
Нерчинский договор 1689 г. определил границу по реке Кяхте. В 60-х годах XVII в. из тунгусов князя Гантимура сформирован 5-сотенный полк, размещенный по побережью реки Аргунь, и 4 бурятских 6-сотенных полка. Они стали основой пограничной стражи в Забайкалье.
На новой границе поставили столбы, насыпали курганы, возвели села, в которых разместили бурят и тунгусов Гантимура. В крепостях: Горбичевская, Цурухайтуйская, Чиндантская, Кударинская, Акшинская, Троицкосавская, Харацайская и Тункинская — расселили 900 казаков (селенгинских, верхнеудинских, баргузинских и иркутских). Пограничные укрепления дополняли 63 редута и 17 пикетов, устроенных по типу острожков Сибири.
Как правило, завоевание было мирным. Малочисленные и рассеянные на громадных просторах туземцы платили ясак шкурами пушных зверей. Казаки строили остроги при слияниях рек, служивших им дорогами. Эти крепостцы стояли также на волоках между реками и в узких проходах между гор. И так — от реки к реке, вплоть до берегов Великого океана. В истории нет примеров захвата столь обширных земель в такое короткое время и столь малой горстью людей. Это невероятный факт, но свободные люди, без царя и начальников, без приказов Москвы, действовали по своей воле.
Богатый Приамурский край издавна привлекал зверобоев. В начале XVII в. казаки основали городки в верховьях Амура, куда пошли охотники из Сибири. Эта вольница, двигаясь вниз по течению, расширяла свои поселения на юго-восток.
Продвижение казаков на Дальний Восток началось в 1631 г. из основанного на Лене Усть-Кутского острога. Отсюда сотник Петр Бекетов пошел вверх по Лене и, достигнув района нынешнего города Верхоленска, проник в прилегающие к озеру Байкал бурятские степи, но, встретив сопротивление, возвратился, основав в устье реки Тутуры Тутурский острог.