Но в 1666 г. Албазин восстановил ссыльный поляк Никифор Черниговский, бежавший с берегов Лены после убийства им из ревности воеводы Обухова. Заняв с казаками Албазин, Черниговский собрал ясак, который отправил в Москву с повинной. После этого приговоренного к смерти Черниговского помиловали и оставили в Албазине. Переселенцы поставили ряд слобод, а инок Гермоген основал в урочище Брусяной Камень монастырь.
Москва, поддержав эту стихийную колонизацию, в 1684 г. занятый край выделила в Албазинское воеводство, по имени укрепления на Амуре, недалеко от слияния рек Шилки и Аргуни, отобранного в 1651 г. V князя Албазы.
Однако Албаза оказался подданным богдыхана, который не захотел отказаться от своих владений. Вторжения казаков в земли подвластных Китаю народов заставили императора Канси (1661–1722) начать военные действия, и 4 июня 1685 г. армия Лань-Таня (15 000 солдат, 150 орудий) обложила Албазин (450 человек, 3 пушки). Штурм отбили, но недостаток продовольствия и боевых запасов принудил воеводу Алексея Толбузина капитулировать, 23 июня гарнизон отступил в Нерчинск.
Но, соединившись с казачьим полком шотландца Афанасия Байтона, Толбузин вернулся в разоренный Албазин и восстановил его укрепления. Тогда 7 июля Лань-Тань вновь появился у стен Абалзина (8000 человек, 400 орудий). Осадой руководил иезуит Вербье.
Гарнизон Албазина (677 человек, 8 орудий) мужественно отбивался, Толбузин погиб. Из-за недостатка провизии началась цинга. К апрелю 1687 г. в живых осталось 82 человека, но Байтон оборонял крепость.
Встретив упорное сопротивление, богдыхан, пожелав разрешить спор миром, предложил казакам перейти в подданство Китая. Так как император предложил более выгодные условия, чем царь московский, казаки согласились.
В Албазине оставалось лишь 20 защитников с Байтоном во главе, 6 мая начались переговоры, китайцы сняли осаду Албазина и в августе отошли к Айгуну. Русским пришлось оставить Албазин и отступить к Нерчинску.
После того как Албазин снова вошел в пределы Китая, станичники вместе со священником Максимом Леонтьевым переселились в Пекин. Однако чтобы не исправлять бумаг в Москве, название воеводства оставили прежним.
Казаков Албазина богдыхан зачислил в лучшую часть своей императорской гвардии — отряд «Знамени с желтой каймой», которым командовал один из принцев маньчжурской династии. Албазинцы укомплектовали сотню и служили со своими командирами. Каждого станичника зачислили в высший социальный слой Пекина, выделив ему земельное поместье, дом, денежное содержание и награды. Богдыхан отдал в их распоряжение буддийскую кумирню, которую казаки обратили в храм Св. Софии. Еще в конце XIX в. казаки, как гвардейская аристократия Китая, брезговали физическим трудом. В это время их церковь перешла в распоряжение Русской духовной миссии, среди прихожан которой насчитывалось до 1000 албазинцев. По крови казаки стали наполовину маньчжурами.