Россия неотвратимо продвигалась в Среднюю Азию. И, после того как граница передвинулась за Туркестан к высоким нагорьям Центральной Азии, крепость Оренбург утратила свое стратегическое значение. Однако город обрел более важную торговую роль. С 1826 г. караваны численностью в 10 и более тысяч верблюдов ежегодно привозили сюда хлопок и другие продукты, а взамен увозили в Среднюю Азию мануфактуру. Уже во второй половине XIX в. Оренбург стал крайним пунктом сети железных дорог Европы. На всем протяжении до Лиссабона и Кадикса после постройки самарского моста через Волгу шла нигде не прерывающаяся 6900-километровая линия рельсового пути.
В начале XIX в. Оренбург стал важным пунктом меновой торговли с купцами Средней Азии, прибывавшими из Кашгара, Хивы, Бухары и Ташкента. В городе насчитывалось свыше 80 000 жителей, 10 лечебниц, 6 библиотек, 14 средних учебных заведений, в том числе военное училище и женский институт, 25 низших школ; велась переработка продуктов скотоводства и производство стали.
Всех казаков, оказавшихся в границах вновь созданной Оренбургской губернии, свели в служилое войско с наказным атаманом во главе. Войсковой штаб помещался в Оренбурге, который со временем стал также одним из уральских горнопромышленных центров. После Октябрьского переворота 1917 г. и торжества соввласти (так называли станичники диктатуру большевиков) город потерял свой казачий облик и переименован в Чкалов.
Казаки Яика
Последними сдали свою древнюю автономию станичники Яика. В Северной войне 1701–1709 гг. войско участвовало почти в полном составе (2100 казаков), при этом легендарный Рыжечка (Е. Замаренов) победил в единоборстве лучшего воина Швеции.
После победоносного похода Яик надеялся на льготы и привилегии, но в ответ получил ужесточение контроля. Недовольство усилилось в последние годы правления Петра I, когда в 1720 г. он потребовал безусловного повиновения и регулярной службы, казаки возмутились, узрев в этом нарушение многовековых устоев и договорных отношений с Русью. Но, понимая, что открытая борьба с северным монстром им не под силу, станичники сожгли свои городки, собираясь переселиться в заяицкие степи к казахам.
Однако русские окружили казаков и тяжелой рукой ввели их в империю.
В 1723 г. чиновники переписали 3196 казаков, объявили им обязанность нести пограничную службу, выставляли на войну боевые отряды и сумму годового жалованья всему Войску Яицкому (1500 руб.), дела которого передали из Посольского приказа в Военную коллегию. Атаман и канцелярия стали назначаться. Первым наказным атаманом войска был Григорий Меркурьев.