Но и через месяц после гибели «Трешера» поиски оставались безрезультатными. Однако их не прекращали: отказаться от них значило бы нанести повторный удар по национальному престижу, и без того основательно задетому печальным «первенством». Во-вторых, обнаружение погибшей лодки позволило бы достоверно установить причины ее гибели и предотвратить подобные катастрофы в будущем. В-третьих, общественность и в самих США, и во всем мире была обеспокоена возможностью радиоактивного заражения океана. Никто ведь не знал, как поведет себя реактор, не поставит ли точку на рыбном промысле в этом районе Атлантического океана.
В течение июня батискаф «Триест» совершил пять погружений, одно из которых имело некоторый эффект: был найден баллон воздуха высокого давления (ВВД) и сапог из комплекта спецодежды, используемой в реакторном отсеке. В течение последующих погружений, продолжавшихся до ноября 1963 года, на небольшом участке площадью около двухсот квадратных метров удалось обнаружить кое-какие металлические предметы с «Трешера» - переборочную дверь, трубы. Их принадлежность погибшей субмарине сомнений не вызывала, так как на них имелись соответствующие номера и даже фамилии монтажников, строивших эту лодку.
Учеными было сделано в общей сложности более 250 тысяч снимков. Однако ни тела подводников, ни прочный корпус подлодки, ни ее оборудование отыскать так и не удалось. А это значило, что длительные и объемные поисковые работы практически не помогли ответить на вопрос: что же послужило причиной гибели атомной подводной лодки «Трешер»?
Комиссия по расследованию причин катастрофы была создана на следующий день после гибели «Трешера», 11 апреля. В состав этой комиссии вошли видные подводники, специалисты кораблестроители и бывший командующий подводными силами Атлантического флота США контр-адмирал Лоуренс Дзепит. Возглавил ее один из старейших подводников США, начальник военно-морского училища в Аннаполисе, вице-адмирал Бернард Остин. Разумеется, Остин и предполагать тогда не мог, что пройдет каких-то пять лет, и в 1968 году ему снова придется заняться расследованием причин гибели атомной подлодки, на сей раз «Скорпиона».
Работать комиссии было нелегко. В стране циркулировало огромное количество различных слухов и версий. Порождены они были, в первую очередь, неизбежной в подобных ситуациях борьбой ведомств за честь «мундира». Подводники выдвигали обвинения против Портсмутской кораблестроительной верфи, представители верфи не менее ожесточенно обвиняли подводников.