Наиболее реакционные круги пытались отыскать в гибели субмарины «руку Москвы». Официальные представители ВМС США и честные моряки опровергали эти измышления. Например, адмирал Андерсон заявил: «Насколько мне известно, в момент гибели „Трешера“ вблизи не было не только подводных советских лодок, но и советских рыболовных судов». К чести комиссии, клеветническую версию она почти сразу отвергла.
Однако расследование выявило массу недостатков в собственном «огороде» — в кораблестроительной промышленности ВМС США. ...Строительство «Трешера» заняло 3 года и 2 месяца. В августе 1961 года лодку торжественно передали флоту. Командиром «Морской лисицы» назначили капитана 3 ранга Д.Аксена, известного флотским историкам еще и тем, что он входил в экипаж первой атомной подлодки США «Наутилус».
Как правило, американские кораблестроительные кампании устанавливают для своей «продукции» гарантийный срок эксплуатации, предельный срок гарантии — двенадцать месяцев. За этот, гарантийный год плавания «Трешера», было устранено в общей сложности 875 дефектов, и в апреле 1962 года Военно-морской министр США наградил большую группу офицеров инженерно-технической службы ВМС США, в том числе Д.Аксена, орденом «Бронзовой звезды» с формулировкой: «В результате их работы были улучшены боевые качества подводного флота страны».
Недостатки, которые были в гарантийном порядке устранены на «Трешере», в основном касались быта экипажа и удобств эксплуатации. Однако 130 из них относились к конструктивным решениям, а 5 напрямую были связаны с безопасностью корабля. Поэтому по истечении гарантийного срока, летом 1962 года, лодку вернули на судоверфь Портсмута.
Пока подлодкой занимались кораблестроители, командир Д.Аксен ушел на повышение. На его место назначили тридцатипятилетнего капитан-лейтенанта Джона Гарвея. Несмотря на молодость, Гарвей имел солидный послужной список. Он окончил Высшее военно-морское училище, был вахтенным инженер-механиком на «Наутилусе» и принимал участие в первом походе этой подлодки через Северный полюс. В 1958 году Гарвей стал старшим инженером-механиком (по нашим меркам эта должность соответствует командиру БЧ-5) на атомной подводной лодке «Таллиби», затем — старшим помощником командира на атомной подводной лодке «Сидроген». В январе 1963 года ему предложили принять «Трешер».
Через два месяца субмарине предстоял выход в море, но свежеиспеченный командир вовсе не был уверен, что «Морская лисица» к этому походу готова. В суматохе предпоходных дней Джон Гарвей успел написать письмо вице-адмиралу У. Смедбергу. Вице-адмирал был не только начальником управления кадров ВМС США, но и другом отца Джона Гарвея. Об этом письме стало известно уже после катастрофы, и оно было запрещено к публикации министром ВМС Ф. Кортом. Вице-адмирал Смедберг с этим едва ли согласился, поскольку заявлял журналистам: «...такая публикация целесообразна вследствие важности поднятых в письме вопросов». Думаю, все-таки неслучайно некоторые фрагменты письма просочились в печать. Так, армейский журнал США «Арми нейви эйр форс джорнэл» 20 апреля 1963 года сообщил, что командир «морской лисицы» упрашивал адмирала использовать свое влияние и заставить специалистов изменить свое отношение к делу, так как качество строительных и ремонтных работ на лодке вызывает у него, Гарвея, тревогу. К сожалению, Смедберг не смог выполнить просьбу сына своего друга: письмо вице-адмирал получил в день гибели «Трешера»...