Годвин мог бы полностью переменить ситуацию в собственных интересах, если бы не совершил серьезную политическую ошибку, последствия которой будут сказываться еще и после 1066 года. Поскольку после бегства Робера Шампара архиепископство Кентерберийское стало вакантным, Годвин передал его своему приятелю Стиганду. Возможно, Стиганд потребовал этого в награду за оказанную помощь. Подобного рода сделка была столь грубым нарушением канонического права, что скорее походила на прямой вызов Риму: пока Роберт Шампар не был каноническим образом низложен, он оставался архиепископом Кентерберийским. Папская курия отказалась признать свершившийся факт. Не исключено, что герцог Вильгельм при посредничестве Ланфранка настаивал на столь непримиримой позиции. Однако Стиганд, пользовавшийся поддержкой Годвина, не уступал. Теперь они вдвоем держали в своих руках Англию. Неважно, что всего лишь четыре епископа приняли участие в избрании Стиганда. Он, когда Рим отказал ему в предоставлении паллия, попросту завладел тем, который был оставлен обратившимся в бегство Робером Шампаром.
Папа Лев IX отлучил Стиганда от церкви, но в 1058 году тот сумел получить инвеституру от нового папы Бенедикта X; однако уже на следующий год этот папа, возведенный на Святой престол по воле народа и не признанный курией, был вынужден уступить место Николаю II, который повторил анафему в адрес самозваного архиепископа Кентерберийского. Так и вышло, что в течение почти двадцати лет во главе английской церкви стоял отлученный примас — ситуация тем более скандальная, что Стиганд беззастенчиво пользовался своим служебным положением для личного обогащения. Сохранив за собой епископство Винчестерское, он завладел еще Норвичским епископством, а также аббатствами Гластонбери, Или и Сент-Олбенс. Этим объяснялось враждебное отношение к нему значительной части англосаксонского духовенства, объявившего ему форменный бойкот. Большинство епископов-суффраганов Стиганда считались схизматиками, так что Кентерберийская церковная провинция утратила свою юрисдикцию. Стиганд не рукоположил в сан ни одного епископа, а на всех важных церемониях он был вынужден терпеть присутствие архиепископа Йоркского, в каноническом отношении заменявшего его.
Устранение нормандцев поставило клан Годвина лицом к лицу с кланом Леофрика. Эта конфронтация имела далеко идущие последствия, однако Годвину не суждено было почувствовать их в полной мере: в 1053 году он скоропостижно скончался от апоплексического удара в разгар пиршества при королевском дворе. Народ усмотрел в такой кончине божью кару за убийство Альфреда.