Первостепенное значение подводного флота в битве за Атлантику окончательно было признано руководством рейха в январе 1943 года, когда Дёниц сменил Редера на посту главнокомандующего Кригсмарине. Дёниц вспоминал: «В январе 1943 года мне в штаб-квартиру в Париже позвонил гросс-адмирал Редер. Он сообщил, что имеет намерение подать в отставку…
Преемником Гитлер выбрал меня. Очевидно, к этому его склонило мнение Редера, а также то, что он рассчитывал найти в моем лице как командующего подводными силами сторонника его идеи».
В отношениях с фюрером Дёниц чувствовал себя абсолютно уверенным. Гитлер тепло относился к свежеиспеченному гросс-адмиралу, восхищался энергией Дёница, его непоколебимой решительностью и уверенностью в победе. Дёниц обладал даром поражать воображение фюрера, и потому Гитлер без колебаний принимал любое решение нового командующего относительно военно-морского флота. В свою очередь, Дёниц искренне верил в Гитлера, считал его спасителем уничтоженной, слабой и оскорбленной Германии в 1930-е годы и оставался верным учеником фюрера. Получив назначение, Дёниц перевел штаб подводного флота в Берлин, преобразовав его во 2-й отдел штаба Кригсмарине.
В своем первом приказе по флоту гросс-адмирал Карл Дёниц пообещал, что, приступив к выполнению новых должностных обязанностей, он лично продолжит командовать ведением подводной войны. Он заявил, что необходимо вести эту войну с удвоенными усилиями и это приведет к победе и завоеванию мира.
Многие в Кригсмарине приветствовали молниеносный взлет Дёница по служебной лестнице. Однако было не совсем ясно, что именно имел в виду гросс-адмирал, говоря о победе на море в январе 1943 года, когда надежда поставить Британию на колени уже развеялась как дым. А перед вооруженными силами рейха в целом и перед Кригсмарине в частности история поставила другую задачу — не допустить переброски крупной группировки армии США в Европу и высадки англо-американских войск на континент. 1943 год начался для германского подводного флота с нескольких удачных операций против атлантических конвоев союзников.
Так, в начале февраля 1943 года в Северной Атлантике «стая» «Пфайль», состоявшая из 13 лодок, атаковала конвой SC-118 с военными грузами, предназначенными для Советского Союза. Без потерь не обошлось. Сильная эскортная группа, поддержанная противолодочной авиацией, потопила три и серьезно повредила четыре «у-бота». Немцы отправили на дно 12 судов противника общим тоннажем 59 415 тонн, еще одно судно затонуло в результате столкновения с другим транспортом (Дёниц записал в актив своим подводникам 13 судов и 59 765 тонн).