В 1922 г. политика властей уже была чётко ориентирована на жёсткий контроль над духовенством и религией. Экономические свободы, данные в период нэпа, не должны были сопровождаться политическими свободами. Вооружённое антисоветское сопротивление в Средней Азии и на Северном Кавказе, боязнь политического альянса мусульманских народов даже под коммунистическими лозунгами неизбежно вели к стремлению центра поставить под свой контроль Центральное духовное управление мусульман (ЦДУМ) и не допустить превращения мусульманских съездов в форумы своих политических оппонентов.
К тому же мусульманское духовенство не собиралось сдавать свои позиции. В октябре-ноябре 1926 г. состоялся съезд духовенства в Уфе, который выступил с предложением расширения прав в области вероучения. Несмотря на внешнюю лояльность руководства ЦДУМ, было ясно, что его не устраивала политика советского государства. Тем более что за этой организацией стояла довольно мощная сила: в 1927 г. ЦДУМ объединял 14 825 приходов, что само по себе не могло не настораживать власти, рассматривавшие каждую из общин как центр сопротивления политике партии.
Учитывая сложившуюся ситуацию, в 1920–1930-е гг. руководство партии проводило в жизнь целенаправленную политику ограничения гражданских прав служителей культа. Это выражалось в дискриминационной налоговой политике, ограничении и запрете религиозного образования, лишении избирательных прав, запрещении распространения религиозной литературы. Кроме того, к мусульманским священнослужителям применялись меры административного и уголовного преследования. В период коллективизации многие из них попали в число раскулачиваемых.
На фоне усиления администрирования осуществлялось постепенное ужесточение различных ограничений в сфере религии. Итоговым законодательным документом стало принятие Постановления ВЦИК и СНК РСФСР «О религиозных объединениях» от 8 апреля 1929 г., которое с некоторыми изменениями действовало вплоть до 1990 г. В результате к 1937 г. из 12 тысяч действовавших до революции мечетей было закрыто более 10 тысяч, от 90 до 97 % мулл и муэззинов были лишены возможности отправлять религиозные обряды.
После смерти в апреле 1936 г. муфтия Ризаэтдина Фахретдинова встал вопрос об избрании нового муфтия. В соответствии суставом ЦДУМ это должно было произойти на съезде организации. Но муфтием был назначен Габдрахман Расулев, что фактически означало полное подчинение мусульманского духовенства властям.
Ислам в годы Великой Отечественной войны. К началу Великой Отечественной войны в результате массированной атеистической пропаганды и нескольких общесоюзных кампаний по закрытию молитвенных зданий позиции ислама в СССР еще больше ослабли. К тому времени по всей стране были закрыты шариатские суды, не осталось и сети религиозных образовательных учреждений.