Однако реалии военного времени вынудили руководство партии отчасти пересмотреть свою политику в сфере религии. С одной стороны, это было связано с патриотической позицией, занятой религиозными организациями в годы Великой Отечественной войны. Верующие принимали самое активное участие в военных действиях и в сборе материальных средств для нужд Красной Армии. С другой стороны, жёсткий контроль, установленный сталинским режимом над всеми формами общественной активности, и подавление любых проявлений несоответствия с советским образом жизни в условиях войны были невозможны. В результате многие верующие начали открыто высказывать свои религиозные взгляды, посещать молитвенные здания и отправлять обряды, игнорируя многие запреты и ограничения.
Одной из причин корректировки религиозной политики стала международная ситуация. Перед Советским Союзом стояла важная задача — открытие второго фронта. В этих условиях демократизация некоторых сторон жизни советского общества могла благоприятно сказаться на ходе переговоров с союзниками. Черчилль и Рузвельт дали Сталину понять, что настроить общественное мнение их стран в пользу Советского Союза могут сведения о религиозной свободе в СССР. Не случайно официальное признание властями заслуг религиозных организаций и верующих произошло накануне переговоров на высшем уровне в Тегеране.
В сентябре 1943 г. состоялась встреча И. В. Сталина с главами Русской православной церкви, в ходе которой были приняты решения, ознаменовавшие новый этап в отношениях государства и религии. На практике это выразилось в смягчении налогового законодательства в отношении зарегистрированных служителей культа, освобождении их от призыва по мобилизации, предоставлении религиозным организациям ограниченных прав юридического лица и других действиях государства.
В 1943 г. в дополнение к действующему Центральному духовному управлению мусульман (с центром в г. Уфе) были образованы ещё три духовных управления мусульман — Северного Кавказа (Буйнакск), Закавказья (Баку) и Средней Азии и Казахстана (Ташкент). Это событие стало частью идеологической кампании, проводившейся советским руководством для воздействия на гражданские, патриотические чувства населения и для его мобилизации в военных условиях. Среди духовных управлений мусульман статус неформального лидера приобрело Среднеазиатское духовное управление, в ведении которого находилось единственное на территории СССР высшее мусульманское учебное заведение — медресе «Мир-Араб» (г. Бухара). Прочие духовные управления рассматривались властями как второстепенные, представляющие периферию «советского ислама».