Однако в Петросовете нашлись люди, которым были не по душе решительные действия Урицкого. Левые эсеры, готовясь к контрреволюционному мятежу, пытались через комиссариат юстиции, где на руководящих постах были их лидеры, распустить Петроградскую ЧК или по крайней мере отстранить Урицкого от руководства карательными органами Петроградской коммуны. Это им частично удалось. Комиссариат внутренних дел был передан левому эсеру Прошьяну.
Ф. Э. Дзержинский решительно воспротивился попыткам распустить Петроградскую ЧК. В адрес Петроградского Совета он направил письмо следующего содержания:
«В газетах имеются сведения, что Комиссариат юстиции пытается распустить Чрезвычайную комиссию Урицкого. Всероссийская Чрезвычайная Комиссия считает, что в настоящий, наиболее обостренный момент распускать таковой орган ни в коем случае не допустимо, напротив, Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий по заслушивании докладов с мест о политическом состоянии страны, пришла к твердому решению о необходимости укрепления этих органов при условии централизации и согласованной их работы, О вышеупомянутом Комиссия ВЧК просит сообщить товарищу Урицкому».
Нет, не удалось левым эсерам нейтрализовать грозного комиссара Урицкого. Робеспьер Петроградской коммуны, как его тогда называли друзья, остался на страже революционного порядка в Петрограде. И когда вслед за вспыхнувшим в Москве 6 июля левоэсеровским мятежом в Петрограде была предпринята попытка захватить власть, отряды чекистов блокировали штаб левых эсеров в бывшем Пажеском корпусе. На предложение сдаться эсеры ответили пулеметным огнем. Однако после получасового боя вынуждены были выставить белый флаг и были разоружены. Оперативно прошла ликвидация и районных штабов левых эсеров.
Питерские рабочие оценили решительные действия Урицкого и руководимых им чекистских отрядов. Урицкий вновь назначается комиссаром внутренних дел Союза коммун Северных областей.
Лето 1918 года в Петрограде выдалось жарким. Казалось, что даже деревянные шашечки, устилавшие Невский проспект, раскалились от солнца. «Жарко» было и на Гороховой, 2. Враги революции не успокаивались.
В конце июля, кладя на стол Урицкому очередную сводку донесений, секретарь заметил:
— Опять заговор против вас, Моисей Соломонович. Это, кажется, уже четвертый.
— Пятый, — уточнил Урицкий, — был еще выстрел в Таврическом.
Тогда, в январе 1918 года, после разгрома Учредительного собрания, он стоял у входа в Таврический дворец. Сухой треск винтовочного выстрела расколол морозный воздух. Пуля легко ранила Урицкого.