С апреля 1943 г стал выпускаться Не 177A-3/R2. Он имел улучшенную электропроводку, другую установку пулемета в носу, пушка MG FF была заменена на МG 151 того же калибра. До Не 177A-3/R2 стрелок в хвосте располагался лежа, а новая кабина позволила ему сидеть. Его пулемет МG 131 был заменен на 20-мм пушку MC 151. Не 177А- 3/R3 стал первым носителем ракеты "Хеншеля" Hs 293. Две ракеты подвешивались под консолями и одна под фюзеляжем. Не 177A-3/R4 получил более длинную нижнюю гондолу, в которой разместили передатчик системы управления ракетой FuG 203b "Киль" III и ручку управления, которой бомбардир выводил ракету на линию прицеливания. Летные испытании Hs 293 начались в 1941 г в Карлсхагене. Позже еще два Не 177А-1 использовались для этой цели в Пенемюнде. Именно они провели первые успешные испытательные пуски летом 1942 г. Не 177A-3/R3 в основном и предназначались для тренировок экипажей по применении) Hs 293.
В начале зимы 1942-43 гг, когда Не 177 были срочно брошены на снабжение окруженных в Сталинграде немецких войск, в частях технического обслуживания на нескольких машинах в нижнюю гондолу поставили 50-мм пушку ВК 5. Боезапас для пушки размещался в бомбоотсеке. Модернизированные самолеты с определенным успехом использовались для штурмовки наземных целей в перерывах между транспортными полетами. Впоследствии был создан Не 177A-3/R5 или "Сталинградтип" с 75-мм пушкой ВК 7.5 в нижней гондоле. Вместо стандартных DB 606 были установлены более мощные DB 610. Всеш было выпущено пять машин этого типа – сила отдачи была слишком велика, а сама установка сильно снижала летные данные самолета
К 1943 г, когда союзники достигли перелома в "битве за Атлантику", адмирал Дениц стал особенно настаивать на поддержке подводных лодок торпедоносцами типа Не 177. В результате был подготовлен специальный вариант Не 177A- 3/R7. Они использовались в 26-й бомбардировочной эскадре. Первоначально самолеты несли торпеды L 5, но, так как они из-за удлиненного стабилизатора не помещались в бомбоотсеке, две торпеды подвешивались под фюзеляжем, а потом и под крылом. От своих предшественников Не 177А 3/R7 отличался отсутствием закрылков, совмещенных с элеронами. Позже такое крыло получил и вариант Не 177А- 5. Самолет также использовался для испытания электроторпед LT 50, которые можно было сбрасывать с высоты 250 м на большем удалении от цели. Однако было выпущено всего три Не 177A-3/R7. В серию вместо него пошел Не 177А-5-
После выпуска 170 самолетов Не 177А-3 заводы в Ораниенбурге и в Варнемюнде переключились на производство Не 177А-5. Первый самолет этой модификации был готов на заводе "Хейнкеля" в феврале 1943 г. Суммарный темп поставок составил на обоих заводах 12 машин в июле и 42 к концу года. Всего в 1943 г было выпущено 261 Не 177, когда министерство авиации, напуганное высокими потерями, издало приказ сдать на слом все бомбардировщики этого типа!