Екатерина это прекрасно понимала, и потому так упорно боролась за каждую жизнь в судебном приговоре. В нужный момент она осуществила нажим, и негласно настояла на смягчении приговора. Суд принял решение наказать смертью только самого Пугачева и пятерых его ближайших сподвижников, которые были повешены. В вопросе о выборе способа казни для самозванца тоже развернулась невидимая борьба. По закону Пугачева должны были четвертовать, но палачу было передано тайное приказание императрицы «промахнуться» и сначала отрубить «злодею» голову.
Нелегко прошло и подписание Манифеста о прощении бунта. Провозглашение подобного документа прекращало преследования бывших повстанцев в стране. Оно ставило точку в крестьянской войне, а значит и в полномочиях Петра Ивановича. Во взбудораженной, охваченной карательными акциями России легче было осуществлять намеченные планы.
В феврале 1775 г. царский поезд прибыл в Москву. Восторженный прием, оказанный на улицах города толпами народа наследнику престола Павлу резко контрастировал с той холодностью, с которой москвичи встречали Екатерину II. Ехавший за каретой цесаревича его молодой друг Андрей Кириллович Разумовский шепнул на ухо Павлу: «Ваше высочество, если б вы только захотели…»
Любовь старой столицы к наследнику еще больше убеждала Паниных в возможности осуществления их планов. Но чуткая к любым колебаниям общественного мнения императрица сделала шаг к сближению с сыном, она стала призывать его для обсуждения подготавливаемых ею документов. Братья Панины решили действовать через Павла.
В первой половине марта Екатерина работала над Манифестом «о забвении» всего, связанного с бунтом Пугачева. Она давала его для ознакомления Петру Ивановичу, который продержал документ чуть дольше положенного. Вероятно, он успел переговорить с цесаревичем, прежде чем тот высказал свое мнение матери. В записке Г. А. Потемкину 18 марта 1775 г. она говорила: «вчерась Великий Князь поутру пришед ко мне… сказал… прочтя прощение бунта, что это рано. И все его мысли клонились к строгости». Однако императрица не вняла доводам сына. На другой день она прочитала Манифест в Сенате и при его оглашении, по ее словам, «многие тронуты были до слез». Внутренняя смута была подавлена, и меры, предпринятые Екатериной, не позволили Паниным передать корону наследнику Павлу Петровичу.
Во время летних торжеств, посвященных годовщине Кючук-Кайнарджийского мирного договора 10 июня 1774 г., награждали не только отличившихся в войне с Турцией. Усмирители бунта тоже получили свои награды, хотя само название «Пугачевщина» не произносилось, а участвовавшим в ее подавлении офицерам вспоминали только их заслуги на поле боя с внешним врагом. Петр Иванович получил похвальную грамоту, меч с алмазами, алмазные знаки ордена св. Андрея Первозванного и 60 тысяч рублей на «поправление экономии». Панин прекрасно понимал, что на этот раз его партия проиграна и 9 августа 1775 г. вновь подал в отставку. Он продолжал близко общаться с Павлом Петровичем, долгие годы по переписке участвовал в разработке конституционных проектов для будущего императора, но заметной политической роли уже не играл, особенно после того как в начале 80-х гг. панинская группировка в Петербурге была окончательно вытеснена русской партией Потемкина. Никита Иванович удалился от дел и умер 31 марта 1783 г. Петр пережил брата на шесть лет, он скончался 15 апреля 1789 г. в своем селе Дугине под Москвой. Масонские круги старой столицы откликнулись на это событие горестными одами и речами, отмечая в покойном «чуждое всякого пристрастия сердце, непотрясаемую твердость, примерную любовь, усердие, ревность ко главе и всему составу общества». Так ушел из жизни человек, которого императрица Екатерина II боялась увидеть диктатором над своей страной и сделала все возможное, чтобы не пропустить его к власти.