28 апреля, наступая на запад южнее Ландвер-канала, 29-й гвардейский стрелковый корпус 8-й гвардейской армии пересек железные дороги, которые идут на север к Ангальтскому и Потсдамскому вокзалам. При этом продвижение 9-го механизированного корпуса армии генерала П.С. Рыбалко на север, вдоль железных дорог, к Ландвер-каналу пришлось как раз по тылам 8-й гвардейской армии. Последствия продвижения войск перпендикулярно друг другу могли быть непредсказуемыми.
В 20.45 И.С. Конев направил Г.К. Жукову телеграмму: «По донесению П.С. Рыбалко армии В.И. Чуйкова и М.Е. Катукова получили задачу наступать на северо-запад по южному берегу Ландвер-канала и таким образом режут боевые порядки войск 1-го Украинского фронта, наступающих на север. Прошу изменить направление наступления армий Чуйкова и Катукова». Копия телеграммы тут же была передана в Москву генералу А.И. Антонову. В принципе выполнение просьбы И.С. Конева должно было привести к прекращению наступления армий В.И. Чуйкова и М.Е. Катукова.
Получив телеграмму командующего 1-м Украинским фронтом, Г.К. Жуков доложил И.В. Сталину: «Наступление частей Конева по тылам 8-й гвардейской армии и 1-й гвардейской танковой армии создало путаницу и перемешивание частей, что крайне вообще осложнило управление боем. Дальнейшее их продвижение в этом направлении может привести к еще большему перемешиванию и затруднит управление». Маршал Жуков просил установить новую разграничительную линию между фронтами или заменить войска И.С. Конева в Берлине войсками 1-го Белорусского фронта. Буквально через несколько минут Москва установила такую разграничительную линию, которая требовала вывода армий П.С. Рыбалко и А.А. Лучинского из города на запад.
3а разграничительной линией, которая устанавливалась с 24.00 28 апреля, оказался 9-й механизированный корпус, продолжавший по-прежнему наступать к Рейхстагу. Получив директиву Ставки, И.С. Конев приказал П.С. Рыбалко отвести войска.
«Он (генерал Рыбалко) буквально должен был пересилить себя, чтобы выполнить мой приказ, — вспоминал маршал И.С. Конев после войны. — И я не склонен его осуждать за эти хорошо понятные мне личные переживания».
Первой к Рейхстагу вышла 3-я ударная армия. Наступая с севера, ее 79-й стрелковый корпус прорвался к мосту через Шпрее и после ожесточенных боев в ночь на 29 апреля захватил его. От моста до Рейхстага оставалось каких-нибудь 500 м, но они оказались необычайно трудными. Площадь перед зданием обороняли подразделения СС и батальон фольксштурма. Предыдущей ночью сюда для подкрепления прибыли три роты морской школы из Ростока. Почти 5 тысяч немецких солдат и офицеров, сосредоточенных у стен Рейхстага, поддерживали 3 дивизиона полевой артиллерии и зенитный артиллерийский дивизион. Система обороны на подступах к зданию включала 3 траншеи, прикрытые минными полями и противотанковым рвом с водой, 15 железобетонных ДОТов. Ходы сообщения связывали траншеи с подвалами Рейхстага. В целом оборона была прочной.