Упорное сопротивление местных жителей интервентам привело к жестоким карательным акциям со стороны японских войск, пытавшихся такими мерами утверждать свое господство на оккупированной территории: сожжение за «неповиновение» целых деревень и показательные массовые расстрелы непокорных с целью запугивания местного населения вошли в повсеместную практику. Например, в январе 1919 г. японские солдаты дотла сожгли деревню Сохатино, а в феврале деревню Ивановку. Вот как описывал эту акцию репортер японской газеты «Урадзио ниппо» Ямаути: «Деревню Ивановка окружили. 60–70 дворов, из которых она состояла, были полностью сожжены, а ее жители, включая женщин и детей (всего 300 человек) — схвачены. Некоторые пытались укрыться в своих домах. И тогда эти дома поджигались вместе с находившимися в них людьми».[103] То, что действовали японцы с особой жестокостью, отмечали даже их союзники-американцы. Так, в донесении одного американского офицера описывается казнь арестованных местных жителей, схваченных японским отрядом 27 июля 1919 г. на железнодорожной станции Свиагино, охранявшейся американцами: «Пятеро русских были приведены к могилам, вырытым в окрестностях железнодорожной станции; им были завязаны глаза и приказано встать на колени у края могилы со связанными назад руками. Два японских офицера, сняв верхнюю одежду и обнажив сабли, начали рубить жертвы, направляя удары сзади шеи, и, в то время как каждая из жертв падала в могилу, от трех до пяти японских солдат добивали ее штыками, испуская крики радости. Двое были сразу обезглавлены ударами сабель; остальные были, по-видимому живы, так как наброшенная на них земля шевелилась».[104]
В феврале-марте 1920 г. все войска интервентов, кроме японских, покинули Владивосток, передав «представительство и охрану интересов союзников» на русском Дальнем Востоке и в Забайкалье Стране Восходящего Солнца. При этом Япония формально заявила о своем «нейтралитете». Однако в начале апреля японцы начали карательные действия против населения Владивостока и других городов, произвели нападения на революционные войска и организации Приморья. В качестве повода был использован так называемый Николаевский инцидент в марте 1920 г., во время которого в городе Николаевске-на-Амуре партизаны под командование анархиста Я.И.Тряпицина, расстрелянного вскоре по приговору народного суда, уничтожили более 850 захваченных в плен японских военнослужащих и гражданских лиц.[105] Воспользовавшись этим, 31 марта 1920 г. японское правительство отказалось от эвакуации своих войск, которые 4–5 апреля внезапно нарушили договоренность о перемирии и приступили к «акции возмездия», в результате которой за несколько дней уничтожили во Владивостоке, Спасске, Никольске-Уссурийском и окрестных селениях около 7 тыс. человек.