Правление Гагика I (989—1020) является апогеем правления Багратидов. В Армении царили мир и процветание, царь украсил Ани роскошными зданиями. В 961 году столица была переведена в этот город, расположенный на высоком плато и защищенный с востока и юго-востока глубоким ущельем Арпачая (Ахуряна), притоком Аракса, а с запада – долиной Аладжа, «долиной цветущих садов». Рост города был таким быстрым, что менее чем через сорок лет после сооружения крепостных стен была построена вторая линия укреплений (см. фото 2), утроив площадь столицы. Были возведены дворцы и церкви, и Ани стал городом тысячи и одной церкви.
Рис. 6. План Ани: а – двойная линия укреплений; б – цитадель; в – собор; г – церковь Святого Григория царя Гагика I; д – церковь Святого Григория Тиграна Оненца; е – церковь Святого Григория Абугамренца; ж – церковь Святых Апостолов; з – церковь Святого Спасителя; и – часовня Пастыря за городскими стенами
После смерти Гагика наступил период быстрого упадка. Соперничество между его сыновьями закончилось разделом, в очередной раз уменьшившим царские владения. Отсутствие сильной руки у руля, так же как единства между отдельными царствами и княжествами, оказалось роковым в то время, когда Византия быстро захватывала все новые земли, а на Востоке появились могущественные враги – турки-сельджуки. Еще в 966–967 годах Византия аннексировала Тарон; византийские силы под командованием имперского военачальника получили сильную позицию на юго-востоке Армении. С приобретением владений Давида II армянское владение иберийских Багратидов также перешло в руки византийцев; оно вошло в состав провинции Апахуник, лежащей к северу от озера Ван, столицей которой стал город Манцикерт. В 1021–1022 годах царь Васпуракана, подвергшийся сильному давлению сельджуков, уступил свое царство Василию II. Этому акту сопутствовало массовое бегство царских вассалов и придворных, а также части населения. Так все восточные и южные провинции Армении стали частью Византийской империи. Остальные царства оказались в опасной ситуации и не могли надеяться долго выдержать возрастающий натиск византийцев, независимо от того, был он прямым или косвенным.
Царь из династии Багратидов Иоанн-Смбат II, опасаясь репрессий за помощь грузинскому правителю, назвал Василия II своим наследником. После его смерти претензии императора были поддержаны провизантийскими элементами в Ани, действующими в первую очередь в собственных интересах. В борьбе, продолжавшейся два года, национальная партия в конце концов одержала верх. Византийские армии были отброшены, и юный князь Гагик был коронован царем (1042). На протяжении трех лет он энергично боролся против вооруженных сил византийцев, эмира Двина, которого подстрекали византийцы, и отразил нападение царя Лори. Однако обманом его завлекли в Константинополь и вынудили отречься. Сопротивление населения Ани и его предводителей оказалось бесполезным. Византийцы овладели городом и всем царством. Вскоре после этого Григорий Магистр уступил свое владение византийцам, а в 1064 году царь Гагик из Карса был вынужден поступить так же. Только маленькие царства Лори и Сюник сохранили некое подобие независимости. Имперская политика аннексий была пагубной не только для Армении, но и для самой Византии. Империя находилась не в том положении, чтобы заменить достаточными вооруженными силами распущенные армянские армии, и это открыло путь туркам-сельджукам в жизненно важные области Малой Азии. Нашествие сельджуков в Армению началось в 1048 году и продолжалось с нарастающей силой. В 1064 году пал Ани, за ним последовал Карс, который не остался надолго в руках византийцев. После поражения византийцев в Манцикерте в 1071 году вся Армения оказалась под властью сельджуков.