Григорий, в то время бывший мирянином, принял посвящение от архиепископа Цезареи Леонтия и был избран Тиридатом и народом главой армянской церкви. С благочестивым рвением Тиридат и Григорий рыскали по стране, уничтожая храмы и статуи языческих божеств и строя на их месте церкви. В столице был возведен кафедральный собор, и место получило название Эчмиадзин, что означает «куда единородные спускаются». По рассказу Агатангелоса, и место и план церкви были явлены Григорию в видении. Перед ним возникла окруженная ангелами сияющая фигура Сына Божия, держащего в руке золотой молоток. Четыре креста из света также появились перед ним, три из них указали места, где следовало создать мемориалы трем мученицам – Рипсимэ, Гаянэ и Марин, четвертый, самый высокий, указывал на место собора.
Ранняя история церкви показывает, что в Армении, как и везде, оставалось довольно много язычников, да и среди самих христиан появилось много раскольнических сект. Но самой серьезной угрозой, особенно в восточных регионах, находившихся под властью Персии, были регулярно повторяющиеся попытки Сасанидов насадить маздаизм. Героическое сопротивление армянского народа в Ава-райрском сражении, о котором уже упоминалось, является всего лишь одной из страниц в истории защиты им своей веры.
Создание в начале V века армянского алфавита, о котором подробно говорится в главе, посвященной литературе и науке, внесло немалый вклад в укрепление национального характера церкви.
В начале VI века армянская церковь выделилась в самостоятельную. Сохранившееся до наших дней вероучение основывалось на Никейском соборе, церковь полностью приняла решения первых трех соборов – в Никее, Константинополе и Эфесе. Ее доктрина была близка принятой в церкви Александрии, которая соглашалась с христологической формулой об «одной природе Христа, объединенной в воплощенном мире». Документы V века показывают растущую оппозицию любому верованию или определению, имеющему тенденцию разделить божественную и человеческую природы Христа. Несторианцы, придерживавшиеся этой веры, образовавшие довольно значительную группу у южных границ Армении и защищенные персидскими правителями, во второй половине V века пытались ввести несторианство в Армении. Сильное противодействие армян несторианству определило их отношение к Халкидон-скому собору, поскольку они считали, что формула, принятая этим собором, слишком категорично отмечая различия между двумя природами, стремится разделить их, то есть ничем не отличается от несторианской ереси. И порицание несторианства, и осуждение Халкидонского собора прозвучали на соборе, собравшемся в Двине в 506 году. Список преданных анафеме еретиков включал Евтихия, тем самым показав, что собор занял вполне определенную позицию против доктрины монофизитов.