С осени 1940 до лета 1941 года советские органы госбезопасности вели ожесточенную тайную войну на два фронта. На одном из них противниками были профессионалы высокого класса из разведслужб Германии, Финляндии, Румынии, Болгарии и Японии. Не меньшую опасность представляли и «коллеги» из разведок Великобритании и Франции. (Мало кто знает, что в 1939–1940 гг. в этих двух странах вполне серьезно рассматривался вопрос о бомбардировке бакинских нефтепромыслов.) На другом фронте борьба велась против буржуазного националистического подполья в Прибалтике, Западной Белоруссии, Западной Украине и Бессарабии. Большинство подпольных националистических организаций имели самую тесную связь с разведками гитлеровской Германии и ее союзников.
В преддверии большой войны с Советским Союзом немецкое военное руководство привлекало под свои знамена всех, кто по каким-либо причинам имел свои счеты с Советской властью. Армянские, азербайджанские, грузинские, латышские, литовские, румынские, эстонские и другие националистические группировки рассматривались руководством Абвера и СД в качестве основы для формирования «пятой колонны» на территории СССР. Спецслужбы Третьего рейха, используя в своем «хозяйстве» всех противников нашей страны, руководствовались древним принципом: «В разведке нет отбросов, в разведке есть только кадры».
А тем временем следствие по «делу врага народа» Я.И. Серебрянского было завершено. 4 октября 1940 года следователь Следственной части ГУГБ НКВД лейтенант ГБ П.А. Перепелица составил два обвинительных заключения.
Первое касалось самого Якова Серебрянского:
«10 ноября 1938 г. органами НКВД СССР был арестован подозреваемый в шпионской деятельности СЕРЕБРЯНСКИЙ Яков Исаакович.
Проведенным по делу следствием установлено, что СЕРЕБРЯНСКИЙ в прошлом активный эсер, дважды арестовывался органами ОГПУ и при содействии разоблаченных врагов народа проник в органы советской разведки.
В 1924 г., будучи в Палестине, был завербован эмигрантом ПОКРОВСКИМ для шпионской деятельности в пользу Англии.
В 1927 г. СЕРЕБРЯНСКИЙ по заданию английской разведки перебросил из Палестины в СССР группу шпионов-террористов в лице ТУРЫЖНИКОВА, ВОЛКОВА, АНАНЬЕВА, ЗАХАРОВА и ЭСКЕ, которых впоследствии в лаборатории спецгруппы ГУГБ подготовлял к диверсионной и террористической деятельности на территории СССР. Через ТУРЫЖНИКОВА СЕРЕБРЯНСКИЙ передавал английской разведке шпионские сведения о политическом и экономическом положении Советского Союза.
В 1933 г. СЕРЕБРЯНСКИЙ был завербован разоблаченным врагом народа ЯГОДОЙ в антисоветскую заговорческую организацию, существующую в органах НКВД.