Из воспоминаний Анатолия Яковлевича Серебрянского:
«Вечером 7 октября 1953 года я, как всегда, пожелал отцу и маме спокойной ночи. Я не мог предположить, что отца я больше никогда не увижу, а с мамой буду разлучен на долгие три года.
Днем 8 октября возвращаюсь из института. В прихожей меня встречает незнакомый человек в штатском. Дверь в кабинет отца, выходившая в прихожую, открыта. В ней слышатся звуки падающих на пол книг.
„Ваши родители арестованы. Заканчивается обыск“.
„За что?“
(Абсолютно нелепый вопрос.)
„Надо будет – вам объяснят“.
В голове пусто. Молча наблюдаю, как с полок снимают книги, бегло просматривают и бросают на пол.
Через некоторое время все уходят, опечатав в квартире две комнаты из трех».
В процессе следствия по уголовному делу, возбужденному в 1953 году против Я.И. Серебрянского, никаких доказательств его вины как участника «заговорщической деятельности Берии» добыто не было. Однако и выпускать таких людей, как Серебрянский, Судоплатов и Эйтингон, партийная верхушка не собиралась. Профессионалы тайной войны, никогда не участвовавшие в борьбе партийных кланов за власть, тем не менее, знали «слишком много» об участии Хрущева, Кагановича, Маленкова, Молотова и других «верных соратников Сталина» и «друзей Берии» в политических репрессиях 1930-х гг. И тогда был сделан следующий подлый шаг: следуя указаниям партийных инстанций, следствие реанимировало старое уголовное дело за № Н-15222. «Служители Фемиды» вновь признали осуждение четы Серебрянских в 1941 году законным и обоснованным. Двуличие и подлость «политической изнанки» проявились в полном объеме!
На основании преставления Генеральной прокуратуры СССР Президиум Верховного Совета СССР 27 декабря 1954 года отменил свое собственное постановление от 9 августа 1941 года об амнистии Я.И. и П.Н. Серебрянских. На Полину Натановну также решили завести уголовное дело. И это при том, что уже началась реабилитация граждан, незаконно репрессированных в 1930-е гг. Старое дело было поднято из архива и направлено в Верховный Суд СССР с предложением заменить Серебрянскому высшую меру наказания 25 годами лишения свободы с отбыванием срока в исправительно-трудовом лагере.
Но и после этого интенсивные допросы Серебрянского (теперь уже у следователей Генеральной прокуратуры СССР) продолжались. Меры физического воздействия к арестованному не применялись, однако на него постоянно оказывали психологическое давление с целью получения нужных признательных показаний. Сердце много повидавшего разведчика-нелегала не выдержало: 30 марта 1956 года в Бутырской тюрьме на очередном допросе у следователя Военной прокуратуры генерал-майора Цареградского Яков Исаакович скончался от сердечного приступа на 64-м году жизни. Точное место его захоронения до настоящего времени не известно.