Учреждение это всегда казалось очень странным, как тем, кто страдал от него, так и тем, кто его исследовал.
В. О. Ключевский.
Боярская дума Древней Руси
«…Декабря в 3 день, в неделю (воскресенье. — И.К., А.Б.), царь и великий князь Иван Васильевич всеа Русии с своею царицею и великою княгинею Марьею и с своими детми, со царевичем Иваном и со царевичем Феодором, поехал с Москвы в село в Коломенское и празником Николы чюдотворца празновал в Коломенском. Подъем же его не таков был, якоже преже того езживал по манастырем молитися, или на которые свои потехи в объезды ездил: взял же с собою святость, иконы и кресты, златом и камением драгим украшенью, и суды золотые и серебряные, и поставцы все всяких судов, золотое и серебряное, и платие и денги и всю свою казну повеле взяти с собою. Которым же бояром и дворяном ближним и приказным людем повеле с собою ехати, и тем многим повеле с собою ехати з женами и з детми, а дворяном и детем боярским выбором из всех городов, которых прибрал государь быти с ним, велел тем всем ехати с собою с людми и с конми, со всем служебным нарядом» — так начал летописец рассказ о внезапном отъезде Ивана Грозного из Москвы зимой 1564 года.
Оставшиеся в Москве бояре, приказные люди и церковные иерархи пребывали «в недоумении и во унынии», поскольку не ведали ни о цели царского «подъёма», ни о его причинах. Для них ситуация скоро разрешилась введением опричнины, и с тех пор любое учёное или художественное изображение царствования Ивана Грозного не обходится без картин лихих опричных репрессий.
Хронограф, составленный в середине XVII века, объясняет введение опричнины переменами в характере Ивана Грозного: «И потом аки чюжая буря велиа припаде к тишине благосердиа его. И невем како превратися многомудреный его нрав на нрав яр. И нача сокрушати от сродства своего многих. Еще ж и крамолу междоусобную возлюби. И во едином граде едины люди на другая пусти, и протчия опричнины нарече. Другая же собствены себе учини». Хронограф не называет причин произошедших с царем изменений, а некоторые тогдашние авторы связывают ожесточение Ивана Грозного со смертью первой жены, Анастасии Романовны. Таким образом трактует появление опричнины один из кратких летописцев: «Царь Иван Васильевич сочетася законному браку, избра всечесную девицу Анастасию, дщерь вельможи Романа, при ней живя смиренномудрием и победи окрестныя царства: Казань, Астрахань, Сибирскую землю. А после смерти той царицы нрав начал имети яр и многих сокруши».
С тех пор споры и «недоумения» по поводу причин введения, целей, времени окончания опричнины, а также вызванных ею последствий не стихают на протяжении четырёх с лишним веков, а это явление остаётся одним из самых малопонятных институтов России XVI века. «Несмотря на все умозрительные изъяснения, характер Иоанна, героя добродетели в юности, неистового кровопийцы в летах мужества и старости, есть для ума загадка», — писал в своё время Николай Михайлович Карамзин. Государственный историограф и талантливый писатель утешал себя и читателей тем, что «между иными тяжкими опытами судьбы, сверх бедствий удельной системы, сверх ига моголов, Россия должна была испытать и грозу самодержца-мучителя: устояла с любовию к самодержавию, ибо верила, что Бог посылает и язву, и землетрясение, и тиранов; не преломила железного скиптра в руках Иоанновых и двадцать четыре года сносила губителя, вооружаясь единственно молитвою и терпением, чтобы, в лучшие времена, иметь Петра Великого, Екатерину Вторую (история не любит именовать живых)».