Нежелание Лаомедонта платить долги стало главной причиной той враждебности, которую Аполлон и Нептун проявляли по отношению к троянцам во время знаменитой войны с греками.
Срок ссылки закончился, Юпитер вернул Нептуна и Аполлона на Олимп, и они поспешили вернуться к своим обязанностям. Суровый урок не пошел Нептуну впрок. Вскоре после возвращения из Трои он поспорил с Минервой, кто будет владеть только что основанными Афинами, тогда еще не имевшими названия, и вступил с ней в знаменитое состязание, в котором потерпел поражение. Он также спорил с Минервой о том, кому должен принадлежать Трезен, а с Аполлоном – кому владеть Коринфом. В последнем случае третейским судьей был выбран Бриарей, как самый могущественный среди богов после Юпитера.
Как бог моря, Нептун жил не на Олимпе, а в коралловых пещерах своего царства, которым он управлял безо всяких поблажек. Одним своим словом он поднимал ужасный шторм или успокаивал его, заставлял волны яростно реветь или превращал их в спокойную рябь.
Нептун велел – и тучи принеслись,
Забушевал могучий океан.
Трезубцем стукнул – тут же ураган
Пригнал ветра все, и туманы вмиг
Накрыли землю плотной пеленой.
Гомер
В его подданстве находились не только реки, источники, озера и моря. Он мог по своему желанию вызывать сокрушительные землетрясения или поднимать острова из морской пучины, что и сделал, когда Латона умоляла спрятать ее от преследований Геры.
Говорят, что Нептун любил богиню Цереру и следовал за ней в ее долгих поисках дочери Прозерпины. Недовольная его настойчивыми ухаживаниями, богиня, чтобы скрыться от него, превратилась в кобылу, но бог моря, которого трудно было обмануть, тут же принял облик коня. В этом виде он и шел за ней, оказывая всяческие знаки внимания.
Отпрыском этой пары стал Арион, прекрасный крылатый жеребец, наделенный даром речи, чье образование было доверено нереидам. Они научили его везти по волнам колесницу отца с невероятной быстротой и с сожалением расстались с ним, когда его наставником стал Копрей, сын Пелопса. Этот замечательный конь попал сначала в руки Геркулеса, а потом – Адраста, который благодаря ему выиграл все бега.
В другой раз Нептун, влюбившись в девушку по имени Теофана и опасаясь, как бы кто-нибудь из многочисленных поклонников не завоевал ее сердце раньше его, превратил ее в овцу и перенес на остров Крумисса, где предстал перед ней в облике барана и принялся ухаживать за ней. Нептуну удалось добиться успеха, и Теофана родила ему барана с золотой шерстью (золотым руном), который благополучно отнес Фрикса к берегам Колхиды. За этим руном и отправились на Кавказ аргонавты.