Четвертый собор был созван в Халкидоне в 451 году. И вновь основные споры шли о двойной природе личности Христа (человеческой и божественной). Наконец, пришли к согласию считать их едиными без взаимопоглощения, без смешения, без разделения и дробления. Были осуждены и несториане и монофизиты, потому что последние приписывали Христу обладание природой единой, божественной и человеческой одновременно. Результатом решений этого собора стало отделение египетской церкви, которая впоследствии утвердилась как совершенно отдельная Коптская ветвь.
Пятый собор собрался в Константинополе в 553 году. Его созвал Юстиниан скорее с политической, а не с богословской целью. Он попытался прийти к решению, которое объединило бы ортодоксальный центр, монофизический юг и несторианский восток. Соглашение было достигнуто лишь в осуждении некоторых писаний, но разные мнения теологов оказалось невозможным примирить, невзирая на давление императора. В конце концов была принята христианская доктрина в формулировке Халкидонского собора. Ее признали церкви Константинополя и Рима, а также их многочисленные сторонники. Это был последний из основополагающих соборов, когда обсуждалась сущность концепции Христа. Однако ереси продолжали противиться и дальше. Например, монофелиты утверждали, что божественная и человеческая сущности Христа объединены в единую волю. Казалось бы, это являлось неким компромиссом между догматами Халкидонского собора и монофизитской ересью. Но Шестой собор в 680 году в Константинополе осудил его, хотя приверженцы этого учения до сих пор проживают в Сирии. Они известны как марониты.
Седьмой собор, состоявшийся в 751 году в Никее, занялся проблемой иконоборчества. Его решения то подтверждались, то отменялись серией последующих синодов вплоть до окончательного возврата к иконопочитанию в 843 году.
Многочисленные соборы, которые собирались в ранние века существования Константинополя, демонстрировали широкое разнообразие богословских взглядов и имели целью определить суть христианской доктрины. И хотя к правлению Юстиниана основные принципы были сформулированы и провозглашены, разногласия по мелким вопросам продолжались вплоть до IX столетия. Тогда, 29 марта 868 года, в соборе Святой Софии Фотий прочел свою знаменитую проповедь в присутствии императоров Михаила III и Василия I, в которой он объявил о приеме в лоно истинно ортодоксальной церкви группы раскаявшихся сектантов, кватро-дециманов (четырнадцатидесятников). Эта секта праздновала Пасху, подобно иудеям, 14 ниссана, первого весеннего месяца, на какой бы день недели это число ни падало. Количество членов этой секты, вкупе с арианами, саббатеями, македонянами, новоцианами и аполлинарианами, было очень велико. При возвращении к ортодоксальности их нужно было не крестить заново, а лишь помазать святым елеем. Время от времени делались попытки их искоренить, но меры против них никогда не достигали той жестокости, с которой уничтожали павликиан, секту, враждебную любым церковным учреждениям, просуществовавшую до Х века, когда она появилась в Болгарии, переродившись в богомильскую ересь.