Летные данные и маневренные качества Су-6 оказались значительно выше, чем у серийного штурмовика Ил-2. С нормальной боевой нагрузкой (то есть, с 10 PC-132 и 200 кг бомб) самолет развивал у земли скорость 445 км/ч, на высоте 2500 м – 491 км/ч. Вертикальная скорость у земли равнялась 9,8 м/с. Время подъема на высоту 1000 м было не хуже 1,7 мин. Даже с 400 кг бомб и 10 PC-132 "сухой" превосходил Ил-2 по всем определяющим летно-боевым показателям.
Су-6 демонстрировал прекрасную управляемость и маневренность. Наличие на самолете автоматических предкрылков и щитков Шренка обеспечивало устойчивое поведение самолета на больших углах атаки. Взлет и посадка были простыми, хотя и несколько сложнее, чем на Ил-2.
Весьма важным преимуществом Су-6 М-71 перед Ил-2 АМ-38 являлись более высокие величины маневренной перегрузки (на 36%) и скороподъемности (на 20%), а также лучшая приемистость (примерно на 17%). Это позволяло значительно дольше маневрировать без потери энергии и повышало эффективность противозенитного и противоистребительного маневров.
В качестве достоинства отмечалось, что схема бронирования штурмовика (общий вес брони 660 кг) надежно защищает от пуль калибра 12,7 мм и осколков зенитных снарядов. При этом удельный вес брони к полетному весу самолета у "сухого" составлял 12,7% против 13,8% у самолета Ил-2 АМ-38. По весовой отдаче, то есть по отношению веса полезной нагрузки к полетному весу самолета, Су-6 также превосходил Ил-2 на 12,3%.
К недостаткам Су-6 М-71, пожалуй, можно отнести применение гидравлической системы выпуска и уборки шасси, которая в пожарном отношении уступала воздушной системе, стоявшей на Ил-2. Не совсем удачным оказался выбор скоростного аэродинамического профиля ЦАГИ типа "В" для крыла Су-6. Тогда как крыло Ил-2, где использовался профиль Clark-YH, не теряло несущих свойств даже при значительном разрушении обшивки. Кроме этого, отсутствовало дублирование в системе управления самолетом и в первую очередь в канале управления рулем высоты. Впрочем, этим же недостатком страдал и Ил-2.
В заключение Акта по государственным испытаниям от 15 июня 1942 г. рекомендовалось построить войсковую серию Су-6 в количестве 25 машин, а окончательный вывод о боевых свойствах самолета сделать после производства испытаний в условиях фронта. Соответствующий доклад был направлен на имя И. В. Сталина. В докладе командование ВВС КА просило разрешить выпуск войсковой серии Су-6 М-71, "как крайне необходимого ВВС самолета".
Однако войсковую серию Су-6 так и не построили. Основная причина состояла в том, что летом и осенью 1942 г. положение на фронте было очень тяжелым. Потери на фронте были велики, и требовалось выпускать как можно больше боевых самолетов. В то время развертывание производства самолета нового типа и мотора к нему неизбежно привело бы к некоторому снижению выпуска моторов М-82 (поскольку делал бы их тот же самый завод № 19), что в свою очередь, могло привести к срыву планов по выпуску истребителей Ла-5. Пойти на снижение производства даже с целью обеспечения более высокого качественного уровня боевой техники руководство НКАП не решилось.