В зарубежной критической литературе обычно ссылаются на конкретный случай, послуживший Флоберу стимулом к созданию романа. По свидетельству Максима Дю Кана, которое он приводит в своих «Литературных воспоминаниях», дело происходило будто бы следующим образом: закончив «Искушение св. Антония» (это была первая рукописная редакция его «философской драмы»), Флобер пригласил к себе друзей — Луи Буйле и Дю Кана (сентябрь 1849 года) и прочел им новое свое произведение. Друзья терпеливо его, выслушали, но затем подвергли «Искушение» жестокой критике. Они напали на отвлеченный, метафизический характер произведения и предложили Флоберу взяться за простой, обыденный сюжет в духе романов Бальзака «Кузина Бетта» и «Кузен Понс». «Почему бы тебе не написать историю Деламара?» — говорили они ему. Подобный выбор, по их мнению, помог бы Флоберу избавиться от власти необузданного лиризма.
Существует целая литература, посвященная вопросу об «истинной Бовари», то есть вопросу о том, кто именно послужил Флоберу прототипом героини его романа. Согласно весьма распространенной версии, в основу сюжета «Госпожи Бовари» легла история семейной жизни врача Деламара, практиковавшего в Ри (недалеко от Руана). Его супружеские несчастья (неверность жены) занимали любителей скандалов; соблазненная, затем брошенная любовником, жена Деламара Дельфина (до замужества — Кутюрье) отравилась. Французские исследователи Дюмениль, Дюбоск и другие утверждают, что «роман следовал действительности в ее мельчайших деталях».
Несомненно, во всяком случае, что в основу злосчастий Эммы — жены деревенского лекаря Шарля Бовари — Гюстав Флобер вложил богатое количество наблюдений над «провинциальными нравами». Так, например, в письме к Луизе Коле (14–15 июня 1853 года), касаясь наставлений, которыми аптекарь Омэ провожает клерка Леона Дюпюи в Париж, Флобер замечает: «Я, кажется, собрал на двух страницах все нелепости, какие рассказывают в провинции о Париже: студенческая жизнь, актрисы, мошенники, пристающие к вам в общественных садах, и ресторанная кухня „всегда более вредная, нежели домашняя кухня“». Чтобы описать жизнь Эммы в пансионе, Флобер решает погрузиться «в молочные океаны литературы о замках и трубадурах в бархатных беретах с белыми перьями». Он изучает книги по хирургии, необходимые ему для эпизода с оперированием искривленной стопы Ипполита. Флобер штудирует материалы, которые помогли ему с большой точностью описать смерть от отравления мышьяком.
С несомненностью установлено, что прототипом одного из самых привлекательных образов романа — доктора Ларивьера — послужил отец писателя. Флобер писал о нем: у него были «…крепкие мясистые руки, — очень красивые руки, на которых никогда не было перчаток, словно они всегда торопились погрузиться в человеческие страдания. Он презирал чины, кресты и академии, был гостеприимен и щедр, к бедным относился, как родной отец, и, не веря в добродетель, был ее образцом… Взгляд его был острее ланцета, — он проникал прямо в душу и, отбрасывая все обиняки и стыдливые недомолвки, сразу вскрывал всякую ложь. Так держал он себя, исполненный того добродушного величия, которое дается сознанием высокого таланта, счастья и сорокалетней безупречной трудовой жизни».