5 марта Дамаскин возвращается на остров и правит обителью долгих 42 года, до самого дня своей кончины 23 января 1881 года. Оказавшись так стремительно на самой вершине монастырской власти, Дамаскин претерпел немало интриг и неприятностей от старшей братии. Зависть к стремительной его карьере глодала их сердца. Но он-таки преодолел все это, навел в монастыре беспрекословнейший порядок, а обладая от природы действительно незаурядными организаторскими и хозяйственными способностями, начал преобразовывать обитель.
Зимняя гостиница на Валааме
Перво-наперво в 1840 году стал перестраивать скит Всех Святых. Вместо келий из дикого камня возведены были здания из обожженного кирпича. Скит был обнесен кирпичного стеною. укреплен коваными ажурными воротами, по углам восьмигранными декоративными башнями. Скит перестраивал архитектор Брандт, а впоследствии он был перестроен еще раз по проекту Алексея Максимовича Горностаева. В этом облике можно и сейчас видеть сие белокаменное чудо.
П. И. Балашов. Вид Большого скита и части монастыря с колокольни монастырской
В 1852 году была выстроена обширная зимняя гостиница монастыря.
В 1853 году — Храм Святителя Николая сотворил так же, как и гостиницу, Алексей Горностаев, а в 1858 году — келейный корпус.
В 1855 году возвели скит святого Александра Свирского (тоже по проекту Горностаева).
В 1856 году строится большой деревянный странноприимный дом для богомольцев-бедняков.
В 1858 году из Старой Ладоги, из монастыря Василия Кесарийского, по благословению Святого Синода разбирают и перевозят возведенный валаамскими иноками в 1618 году деревянный храм. Ставят на острове Серничан. Основывается новый скит во имя Иоанна Крестителя. Возводя храм заново, A.M. Горностаев ставит его на каменную подклеть, в которой обустраивает церковь зимнюю во имя Трех Святителей, и рядом строится восемь домиков-келий для одиночного проживания. Этот скит Иоанна Предтечи становится скитом с самым строгим уставом. Не только богомольцам, но и монахам монастыря на этот остров, получивший новое название — Предтеченского, не дозволяется ступать без особого благословения отца настоятеля.
В 1863 году строится водопроводный дом. Покупаются две паровые машины. Впервые строится водопровод. Одна из машин приводит в движение насосы водопровода, другая — станки механических мастерских и лесопилку.
В 1865 году в келейном корпусе Никольского скита устраивается домовая церковь во имя преподобного Иоанна Дамаскина.
1868 год. На острове Лембос строится скит во имя Ильи Пророка (с тех пор — остров Ильинский).