Эдуард перестал писать стихи и лишь через девять лет, влюбившись, опять занялся поэзией.
В гимназии в конце каждого учебного года происходил торжественный акт. Под грохот барабанов и звуки труб, в присутствии всех гимназистов и учителей вызывались к столу дирекции три лучших ученика из каждого класса и в награду им вручались книжки в красном переплете. Ученики учились не из любви к знанию, а для получения диплома, и страх перед экзаменами заставлял долбить наизусть. Зюсс избежал этой опасности: он учился ради знаний. Он вспоминает, что его экзаменатором по вероучению был пастор Рацга, венгерец с черной бородой и жгучими глазами, замечательный оратор, который впоследствии в Пресбурге примкнул к революции 1848 года, но в самом начале ее погиб.
В 1845 году семья Зюсса переселилась в Вену, так как отцу пришлось взять на себя заведывание кожевенным заводом заболевшего шурина. Эдуард поступил в старший класс академической гимназии, которой руководили монахи ордена пиаристов. Внутренний быт гимназии полностью сохранил обычаи средневековья. Например, тучный префект (инспектор) в конце уроков становился у выхода на лестницу с протянутой рукой, и все ученики, уходя домой, должны были целовать ее. Когда правая рука уставала, префект протягивал левую. Несмотря на самодурство преподавателей, затхлость всей учебной обстановки, Эдуард вспоминает гимназию с благодарностью.
Молодой Зюсс уделял много времени осмотру музеев и посещению лекций Ариота — известного нумизматика и заведующего собранием древностей. Слушателей было мало и Эдуард мог целыми часами стоять перед открытыми шкафами с их богатствами в виде медалей римских цезарей, камней, так называемого «блюда Митридата» и пр., созерцание которых помогало усвоению исторических фактов.
Студенческие годы и революция 1848 года
Окончив гимназию, Зюсс по желанию отца поступил в Венский политехникум.
Этот политехникум, имея ряд выдающихся профессоров, в те времена считался одним из лучших в Европе. Но, как и все австрийские университеты той эпохи, Венский политехникум был организован так, что оттуда выходили узкие специалисты, лишенные общего образования, которое в какой-то мере давали университеты других стран. В системе преподавания также было немало архаического. Например, старый профессор Альтмюллер в течение нескольких недель раз'яснял студентам устройство инструментов для изготовления плоского винта, на который в карманных часах, приводимых в движение пружиной, наматывается цепочка, а в заключение, когда была истрачена масса времени, профессор заявил, что такие часы давно вышли из употребления.