Несмотря на то, что воскресные школы носили ярко выраженный просветительный, а не политический характер, они все же возбуждали опасение министерства просвещения, следствием чего явилось издание циркуляра, в котором попечителям учебных округов разъяснялось, что воскресные школы должны быть „только пособием приходским училищам“. Местному начальству предписывалось „заботливо следить за тем, чтобы воскресные школы не выступали из границ определенного им круга действия“. Таким образом, запрещалось преподавание предметов, не входивших в учебную программу приходских училищ, а воскресные школы должны были стать только школами грамотности.
В начале 1862 года школам был нанесен следующий, и на этот раз сокрушительный удар. В министерство просвещения поступило сообщение министерства внутренних дел о том, что в некоторых петербургских воскресных школах, в частности, в Выборгской, Сампсониевской и Введенской, „преподается учение, направленное к потрясению религиозных верований, к распространению социальных понятий о праве собственности и даже к возмущению против государства“. Кроме того, было установлено, что в группу студентов, которая явилась инициатором открытия воскресных школ в Киеве, входили члены Харьковско-Киевского тайного политического общества. В итоге последовал царский указ о закрытии воскресных школ „впредь до преобразования их на новых основаниях“.
„Кончились воскресные школы, — писал В. В. Стасов, — но не погибла их чудная благотворительная деятельность… они сошли со сцены, уже успев посеять много правды, света, здоровых, могучих и добрых понятий“.[334]
Закрытие воскресных школ вызвало возмущение не только передовой общественности, но и недовольство наиболее прогрессивных промышленников, заинтересованных в повышении грамотности и профессионального уровня своих рабочих. Широкий фронт общественных протестов заставил правительство вернуться к рассмотрению этого вопроса. „Положением о начальных народных училищах“ 1864 года воскресные школы, учреждаемые правительством, частными лицами или общественными организациями, были отнесены к разряду начальных народных училищ. Наблюдение за их религиозно-нравственным направлением возлагалось на местных священников. Эти же установки повторялись и „Положением о начальных народных училищах“ 1874 года.
Попыткой осуществления духовного надзора над воскресной школой было открытие в 1866 году 33 воскресных школ при духовных семинариях. Но такой способ не оправдал себя: „дело велось самым невозможным образом, — вспоминал посещавший эту школу автор, — занятия продолжались 1 час перед обедней. Преподаванием занимались ученики семинарий без всякого надзора. Своей обязанностью заниматься в воскресной школе семинаристы крайне тяготились и относились к делу крайне небрежно“.