В то же время подобные случаи большей частью не влекли за собой каких-либо карательных мер со стороны университетского начальства, поскольку бдительное его наблюдение обращалось в основном на политическую благонадежность учащихся. Эту же цель преследовала и регулировка состава студентов. Введенная в 1839 году плата за обучение в университете в течение 10 лет постоянно повышалась, ограничивая поступление юношей из неимущих и непривилегированных семей, на «казенный кошт» зачислялись лица лишь дворянского происхождения.
Новые политические веяния конца 50-х — начала 60-х годов заметно отразились на жизни университетов. Уже в конце 50-х годов попечителями учебных округов стали назначаться вместо генералов — Назимова, Кокошкина, Васильчикова — штатские: попечителем московского учебного округа стал сенатор Е. П. Ковалевский, петербургского — князь Г. А. Щербатов, киевского — известный ученый-медик Н. И. Пирогов.
Большие изменения произошли и в преподавательском составе университетов. «50 % преподавателей, работавших в университетах в 1854 году, к концу 1862 года выбыли. К осени 1861 года 47,5 % преподавателей были новыми. Перемены затронули все университеты. Особенно велики они были в Петербургском и Казанском, где выбыло соответственно 58,3 и 61 % и вновь поступило 59 и 58,8 % всего состава».[365] Места старых консерваторов-профессоров занимали молодые, прогрессивно настроенные ученые. В Петербургском университете был забаллотирован профессор русской истории Н. Г. Устрялов — один из ведущих историографов николаевской эпохи, и на место его избран Н. И. Костомаров, незадолго перед тем возвратившийся из ссылки, на которую был осужден по процессу Кирилло-Мефодиевского общества. На юридический факультет были приняты ученый-просветитель Д. И. Мойер и К. Д. Кавелин — правовед, историк и социолог, видный общественный деятель либерального направления. На естественном отделении физико-математического факультета Петербургского университета стали читать лекции будущий великий ученый, тогда же молодой приват-доцент Д. И. Менделеев, высокоодаренный химик Н. И. Соколов и А. Н. Бекетов — известный ботаник, человек прогрессивных взглядов, позднее ставший ректором университета.
Постепенно стали меняться характер и содержание университетских лекций. Профессора информировали студентов о современных достижениях европейской науки, новых научных теориях. В 1864 году появился перевод на русский язык книги Ч. Дарвина «Происхождение видов», совершившей переворот в науке. Большее место в лекционных курсах стало отводиться освещению западноевропейской литературы, истории, права. Активизировались и научные публикации — в начале 60-х годов вышли из печати новые тома «Истории Руси с древнейших времен» Соловьева, «Исторические монографии и исследования» Костомарова, курс ботаники Бекетова. Появилась возможность для заграничных стажировок студентов и научных командировок преподавателей университетов. Новым явлением в университетской жизни стали научные дискуссии.