Однако отставка Балугьянского принята была только частично — от должности ректора он был уволен, но оставлен профессором университета до окончания ревизии.
Кампанию по «очищению» университета от вредоносных идей возглавили попечитель учебного округа Рунич и директор университета (административно назначавшийся в отличие от ректора) Кавелин. Одновременно с пересмотром учебных программ началось гонение на «вольнодумных» профессоров. По отзыву современников, «Рунич был ревнителем, поклонником, подражателем и карикатурой Магницкого. Тот был хитрый и расчетливый плут, насмехался над всем на свете, дурачил кого мог и пользовался слабостями и глупостью людей. Рунич был дурак, хвастун, пустомеля… Подражая во всем Магницкому, восхищаясь его… подвигами в Казани, Рунич хотел повторить то же с большим блеском и громом в Петербурге. Помощником ему был профессор русской словесности Я. В. Толмачев».[51]
Началась травля прогрессивных и просто неугодных профессоров. Как вспоминал один из авторов мемуаров: «Профессоры университета разделились на две стороны — белую и черную. На белой были Балугьянский, Лодий, Бутырский, Чижов, Соловьев, Грефе и Плисов; на черной — Зябловский, Толмачев, Рогов, Попов. Первые придерживались своего мнения и выражали оное по искреннему убеждению, по долгу правды и чести; последние — по зависти, подлости и желанию выслужиться у начальства».[52]
Для того чтобы окончательно опорочить неугодных профессоров, была инсценирована проверка студенческих конспектов и авторских текстов лекций Э. Раупаха, К. Германа, А. Галича и К. Арсеньева. «Судилище» происходило на заседаниях университетской конференции 3, 4 и 7 ноября 1821 года. На первом заседании 3 ноября были допрошены профессоры Раупах и К. Герман, декан историко-филологического факультета. 4 ноября — А. И. Галич и К. И. Арсеньев. Поводом для обвинения Галича послужила его книга «История философских систем». Обвинение заключалось в вопросе; «излагая разные системы философии, зачем он их не опроверг?». Некоторые из членов конференции осмелились заметить, что как историк он не обязан был этого делать, но это не было услышано. «Рунич уподобил книгу Галича тлетворному яду или заряженным пистолетам, положенным среди играющих детей, не знающих употребления огнестрельного оружия».[53] Последним на заседание 4 ноября был приглашен профессор Плисов, которого обязали представить конспекты лекций. После прочтения их Рунич доносил министру просвещения, что «хотя в них не найдено ничего предосудительного, но и это доказывает, что профессор — человек вредный, ибо при устном изложении он мог прибавлять, что вздумает».