На заключительном заседании 7 ноября председательствующий на нем Рунич всячески «издевался над обвиняемыми… перебивал насмешками и грубыми замечаниями речи в защиту обвиняемых»,[55] грозил полицейской расправой. В итоге объяснения, данные «опальными» профессорами, были признаны неудовлетворительными, и Раупах, Герман, Галич и Арсеньев были уволены из университета. Несколько позднее покинул его и Балугьянский.
Увольнение значительной и талантливой группы педагогов отрицательно сказалось на университете: понизился научный уровень лекционных курсов.
Последующее изменение в положении российских университетов было определено «Общим уставом» 1835 года. По уставу университеты, подчиненные полностью попечителю учебного округа, сокращали в значительной степени свою научную деятельность и превращались из научно-учебных заведений в учебные. Фактически упразднялась и автономия университета. Урезаны были функции ученых советов, деятельность их контролировалась попечителем. Отменена была выборность профессоров и деканов факультетов, кандидаты на эти должности назначались теперь также попечителем учебного округа. Изменения были внесены в структуру и учебные планы университетов. По новому уставу они должны были состоять из трех факультетов: философского, юридического и медицинского, а Петербургский университет, при котором раньше не было медицинского факультета, — из двух: философского и юридического. Причем последний теперь предназначался исключительно для подготовки чиновников — законоведов. В связи с этим существенным изменениям подвергся учебный план юридического факультета: введено было изучение действующего законодательства и упразднен ряд предметов, в том числе естественное право и философия. Что касается философского факультета, то он подразделялся на два отделения (гуманитарное и точных наук). На первом изучали философию, словесность, историю, политическую экономию; на втором — математику, физику, химию и ботанику.
В начале 40-х годов отделения философского факультета Петербургского университета были преобразованы в самостоятельные факультеты — историко-филологический и физико-математический. В 1854 году был создан еще один факультет — восточный.
Независимо от факультетов по уставу 1835 года во всех университетах были учреждены кафедры богословия, церковной истории и церковного законоведения, причем эти предметы стали обязательными для всех студентов. Постепенно для расширения этих курсов стал сокращаться и ряд философских дисциплин, а преподавание логики и психологии было передано профессорам богословия.