Остается открытым больной вопрос о вере Джона. Много веков ученые спорят о возможной тайной приверженности отца Шекспира старой вере. Сложный вопрос, так как вера, которую человек исповедовал открыто, могла и не быть его истинной верой, а в соблюдении религиозных предписаний имелись свои тонкие различия.
Верность какой-либо Церкви сталкивалась с противоречиями. Человек мог быть католиком, но посещал реформистские службы ради приличия или во избежание наказания, мог быть членом новой общины и при этом любить ритуалы и праздники старой Церкви. Мог колебаться, доискиваясь истины. И мог вообще ни во что не верить.
Сведения о Джоне Шекспире столь же противоречивы. Он крестил своего сына по обряду англиканской церкви, и службу отправлял протестантский священник Бречгирдл. Но возможно, что Джон Шекспир прятал под стропилами крыши своего дома на Хенли-стрит свое истинное «духовное завещание». Многие из исследователей сомневаются в подлинности этого документа, полагая, что это подделка, но происхождение его кажется достаточно убедительным. Доказано, что это типичный римско-католический текст, распространявшийся Эдмундом Кэмпионом, который путешествовал по графству Уорик в 1581 году и останавливался всего в нескольких милях от Стратфорда-на-Эйвоне. Сам Кэмпион был иезуитом, прибывшим из Рима в Англию с секретной и в конечном счете роковой миссией: поддержать веру в католиках и обратить колеблющихся. Миссионеров-иезуитов в Англии не приветствовали, особенно после того, как папа в 1570 году отлучил от Церкви Елизавету, и Кэмпиона в конце концов арестовали, судили и приговорили к смерти.
В духовном завещании, найденном на Хенли-стрит, говорилось о принадлежности Джона Шекспира «Католической, Римской и Апостольской Церкви» и содержались мольбы к Деве Марии и «моему ангелу-хранителю», а также обращение о помощи к «святой жертве за всех». Трудно было бы найти документ более ортодоксального и набожного содержания. Он представляет собой готовый текст с пустыми местами, оставленными для уточнения подробностей. Здесь появляется значок, изображающий подпись Джона Шекспира, наряду с сообщением, что его небесной покровительницей была святая Уинифред. Гробница этой святой находилась в Холиуэлле, графство Флинтшир, месте паломничества богатых католических семей Уорикшира. Если бумага поддельная, то только очень хорошо осведомленный фальсификатор мог знать подробности о местной святой. Эта фраза в тексте породила еще больше сомнений. Если Джон Шекспир не умел писать, кто же добавил запись об Уинифред? Был ли это кто- нибудь из членов семьи, в 1581 году умевший писать и читать? Есть один ключ к разгадке. В этом католическом завещании есть слова об опасности быть «срезанным в цвету грехов».