Во всяком случае, было хорошо известно, как обстоят дела с религией в Стратфорде. Хью Латимер, реформатор и епископ Вустерский, заявлял, что Стратфорд — «слабое место» в его епархии, а один из соратников епископа подтверждал, что в Уорикшире «большие приходы и торговые города совершенно лишены слова Божьего». Преемник епископа Джон Уитгифт жаловался в 1577 году, что не может собрать в Стратфорде сведения об инакомыслящих; в городе, отличавшемся терпимостью и взаимовыручкой, никто не доносил на соседа. Католические образы в городской часовне по распоряжению Джона Шекспира были забелены лишь спустя четыре с лишним года после королевского приказа.
Это случилось сразу после того, как католическая семья города, Клоптоны, первой, спасая себя, бежала за границу. В любом случае закрашивание преступных изображений едва ли в точности соответствовало инструкции властей: «полностью изъять и уничтожить», чтобы «не оставалось памяти ни о чем подобном». Джон Шекспир просто закрасил их, возможно, в надежде на лучшие дни.
На фресках, скрытых обманным путем на стенах часовни, для желающих молиться святым покровителям были изображены двое местных саксонских святых, Эдмунд и Модуэна, коленопреклоненный мученик Томас Бекет перед алтарем святого Бенедикта в Кентербери; святой Георгий, сражающийся с драконом, и стоящая возле него принцесса. Также со стен смотрели ангелы и бесы, святые и драконы, короли и воины на поле брани. Здесь, в стратфордской часовне, укрывались образы католического мира. Скоро они обнаружатся в шекспировских пьесах.
Некоторое число католиков было среди школьных учителей Шекспира. Если уж Джон Шекспир поддерживал католическую церковь, то на его примере видно, что вероисповедание не мешало занимать государственные должности; но это был хрупкий компромисс. Закон и присутствие наблюдателей создавали напряжение в обществе. Открытые действия, например предоставление убежища опальным священникам, могли иметь серьезные последствия для всех, кто был в этом замешан. В любом случае все шло к тому, чтобы, стиснув зубы, принять новую религию и постепенно отойти от старой. К началу семнадцатого века Стратфорд стал заметно более протестантским. Городом никогда не управляли «педантичные дураки» или «люди Писания», как называли самых несгибаемых пуритан; но постепенно он пришел к приятию двусмысленной ортодоксальности англиканской церкви. Хотя во второй половине шестнадцатого века сопротивление католического сообщества в городе ясно просматривается, несмотря на королевские приказы и «чистки на местах», штрафы, конфискации имущества и тюремные заключения.