2-й отдел. Разработка практических методов ведения войны.
Начальник отдела — полковник Акира Оота (по совместительству).
З-й отдел. Изготовление фильтров для воды.
Начальник отдела — подполковник Эгути.
4-й отдел. Производство бактерий.
Начальник отдела — генерал-майор Киёси Кавасима.
Учебный отдел. Обучение служащих отряда.
Начальник отдела — полковник Сонода (затем его сменил подполковник Тосихидэ Ниси).
Отдел материального снабжения.
Начальник отдела — генерал-майор Ооя.
Лечебный отдел. Отрядная лечебница.
Начальник отдела — полковник Нагаяма.
Помимо этого, «отряд 731» имел 4 филиала, расположенных вдоль советско-маньчжурской границы (имеется в виду советско-китайская граница), и один полигон для испытаний. Филиалы дислоцировались в Хайларе, Линькоу, Суньу и Муданьцзяне, а испытательный полигон-аэродром находился на станции Аньда.
Кроме того, в Дальнем располагался Научно-исследовательский центр санитарной службы Южно-Маньчжурской железной дороги, которым руководил ученый-специалист Андо в чине генерала. Этот центр подчинялся непосредственно Квантунской армии и работал в тесном контакте с отрядом, изготовляя вакцину и проводя эксперименты. Фактически это тоже был его филиал.
То, что после войны «отряд 731» получил ставшее довольно распространенным название «отряд Исии», объясняется тем, что структура отряда была задумана его начальником, генерал-лейтенантом Исии, который руководил также и строительством сооружений.
После завершения в 1939 году строительства первой очереди сооружений в отряде научно-исследовательской работой по подготовке и ведению бактериологической войны было занято более 2600 человек. Значительную часть их составляли научно-исследовательские работники и ученые, присланные с медицинских факультетов высших учебных заведений, из медицинских институтов и гражданских научно-исследовательских учреждений Японии. Их официальный статус — «вольнонаемные японской армии» и «ученые-специалисты».
В отряде существовало более 20 оперативных исследовательских групп. Одно только их предназначение вселяет ужас.
Здесь впервые публикуется перечень тех групп, о которых удалось что-либо выяснить.
Специальная группа занималась «бревнами».
1-й отдел:
— Группа Касахары — исследование вирусов;
— Группа Танаки — исследование насекомых;
— Группа Иосимуры — исследование обморожения;
— Группа Такахаси — исследование чумы;
— Группа Эдзимы (позже группа Акисады) — исследование дизентерии;
— Группа Ооты — исследование сибирской язвы;
— Группа Минато — исследование холеры;
— Группа Окамото — исследование патогенеза;