Одновременно свой проект предложил и лейтенант Степанов, ставший впоследствии командиром минного заградителя "Амур", от мин которого в 1904 г. погибли два японских броненосца. Способ Степанова был более сложным и нашел применение только на кораблях специальной постройки. По системе Угрюмова мины хранились на палубе на специальных рельсах и в нужный момент просто вручную сбрасывались за борт. Впервые этот способ испытали летом 1893 г. на шхуне "Пицунда". В начале ноября того же года их повторили уже на "Двенадцати Апостолах".
Для этого на верхней палубе за кормовой башней проложили "железную дорогу", которая завершалась своеобразным наклонным "трапом". Высота "трапа" над водой составила 5,5 м. Под руководством минного офицера броненосца лейтенанта Симона 11-го и 12-го ноября сбросили в течение нескольких минут по 11 мин. Ус
пех превзошел все ожидания – мина в воду падала практически вертикально, имея наклон всего в 5°. Такой способ особенно был применим для броненосцев, ведь на них по положению мирного времени находилось более 300 мин, а в военное время их число достигало 600. Рельсовый способ постановки мин затем полностью вытеснил более сложный механический при помощи кранбалок по системе лейтенанта Степанова, бывшего на вооружении наших первых минных заградителей.
Второй раз корабль назначили для испытаний при выявлении оптимальных размеров выстрелов для минных сетей. Противоречивые мнения специалистов, обобщивших опыт русско-японской войны, о целесообразности сетевых заграждений вынудили МТК детально рассмотреть этот вопрос. Для опытов вновь выбрали "Двенадцать Апостолов".
Основной целью стало выяснение достаточной прочности сетевых полотнищ и длины шестов (6 м). Более того, в МТК опасались, что торпеды, попадая в район нижней кромки сети, подтягивали ее до борта. Для ответа на эти вопросы корабль с опущенными минными сетями обстреливали торпедами образца 1898 и 1904 гг.
Первые два выстрела торпедой образца 1898 г. (скорость 29 узлов, вес 440 кг.) сеть (вес полотнища 180 кг.) выдержала. При двух выстрелах торпедой образца 1904 г. (скорость 32 узла, вес 656 кг.) оказалось, что в первом случае в сети, не имевшей подвесок, торпеда не дошла до борта 0,9 м, во втором – попав в сети с подвесками, она разорвала 25 подвесок и почти дошла до самого борта. Опыты дали ценные результаты, и позднее на всех кораблях для большей безопасности минные выстрелы удлинили до 7,3 м, а диаметр колец сетей уменьшили.
В 1896, 1899, 1900 и 1901 гг. корабль в первую линию не входил и находился либо в излюбленном флотским руководством вооруженном резерве, либо в ремонтах. В этот период экипаж корабля заметно сокращали, и жизнь на нем шла как бы "в полнакала".