Инструкций было две (текст их приведен на стр. 51–55). Вторая инструкция, врученная капитану «Индевра» в запечатанном пакете, была сверхсекретной. В ней содержались указания о маршрутах, которыми экспедиция должна была следовать по выходе из гавани Порт-Ройял (Матаваи) на острове Таити. Необходимо было предпринять поиски Южного материка между островами короля Георга и 40° ю.ш. (при этом следовала туманная ссылка на возможное открытие этого материка Уоллисом); «буде же материк не удастся обнаружить», надлежало направиться к Новой Зеландии, обследовать ее, положить на карту берега этой земли и возвратиться в Англию либо в обход мыса Доброй Надежды, либо мимо мыса Горн.
Помимо этих географических указаний, инструкция содержала ряд требований политического характера. Прежде всего необходимо было вводить с согласия (?) туземцев все новооткрытые земли во владения Великобритании. Затем должно было повсеместно составлять «инвентарные описи» богатств этих земель — лесов, руд, драгоценных камней, плодов и семян, и попутно приобщать местных жителей к цивилизации, «вручая им в дар безделушки, каковые могут у них быть в цене, и привлекая их к торговле». Все необитаемые земли вменялось в обязанность немедленно вводить «во владение Его Величества в качестве первооткрывателей и первовладетелей, устанавливая при этом необходимые надписи и знаки».
«Индевр» был доставлен из Уитби в Дептфорд, средства на подготовку экспедиции были отпущены, но должность командира корабля и в апреле и начале мая оставалась незамещенной. Правда, в одном из протоколов Адмиралтейства имя Джемса Кука появляется в связи с планами снаряжения экспедиции 6 и 12 апреля, но только 24 мая оно приняло решение «назначить мистера Джемса Кука командиром барка «Индевр».
Командир. Джемс Кук назначен был командиром «Индевра» на сороковом году жизни. Прежде чем занять этот пост, он прошел тяжелый жизненный путь и испытал лишения и мытарства, от которых были избавлены британские флотские офицеры «благородного» происхождения.
В приходских книгах йоркширской деревни Мартон он был записан 27 октября 1728 года как сын батрака-поденщика (son of a day-labourer). Предполагают, что отец его был выходцем из Шотландии, и что у него было девять детей, и что огромную семью он кормил с большим трудом. Поденной работой занимались все его сыновья с самого раннего возраста, и Джемс Кук-младший не был исключением. С 8 до 17 лет он работал у помещика Томаса Скотови в имении Грейт-Айтон.
Биографы говорят, что хозяин Кука обратил внимание на смышленого и любознательного мальчика и определил его в сельскую школу. Сколько лет Кук пробыл в школе — неизвестно, но вероятнее всего, что он обучился здесь лишь чтению, письму и основным правилам арифметики.