Эскизный проект ПЛ пр. 639 закончили в ноябре 1957 года. В 1961-1965 годах планировалось построить 10 ПЛ пр. 639 на заводе No 402.
Постановлением СМ от 3.12. 1958 г. разработка Р-15 прекратилась. Соответственно, прекратилось проектирование и ГШ пр. 639.
Ракеты Р-13 (слева) и Р-21
Баллистическая ракета Р-21 комплекса Д-4
Разработка боевой ракеты, стартующей из-под воды, началась в 1958 году. В СКБ-385 был разработан проект Р-13М – модернизированный вариант Р-13. А в ОКБ-586 под руководством М.К. Янгеля разработали проект ракеты Р-21.
Постановлением СМ от 3.12.1958 г. разработка ракеты Р- 15 в ОКБ-586 была прекращена, а взамен поручили создание ракеты Р-21. Однако в конце марта – начале мая 1959 года в «верхах под ковром» что-то произошло, и Постановлением СМ от 13.05.1959 г. ОКБ-586 полностью освободили от разработки морских баллистических ракет. Работы по Р-21 были переданы СКБ-385.
За несколько лет до этого проработкой вопросов, связанных с подводным стартом баллистических ракет, занималось ОКБ-Ю НИИ-88 под руководством главного конструктора Е.В. Чарнко. Чарнко создал экспериментальную ракету на базе Р-11ФМ для определения возможности запуска двигателя в заполненной водой шахте. Корпус ракеты целиком взяли от Р-11. Баки горючего и окислителя заполнялись водой для сохранения центра тяжести ракеты. Вместо жидкостного двигателя установили три твердотопливных двигателя с отсекающим устройством, то есть при вылете ракеты из под воды лопасти устройства разворачивались и перекрывали сопла двигателей, отсекая газовую струю. Происходило торможение ракеты, и она, не набрав высоты, падала в воду, и водолазы легко поднимали наверх регистрирующую аппаратуру. На первом этапе проводились бросковые испытания ракеты с неподвижного погруженного стенда в Балаклаве. Первый старт со стенда состоялся 25 декабря 1956 г. Ракета, запущенная из-под воды, поднялась на 150 метров над поверхностью. После нескольких стартов со стенда начались запуски с дизельной ПЛ Черноморского флота С-229 пр. 613. Лодка С- 229 была переделана по проекту В-613, к ее бортам симметрично с двух сторон приварили по пусковой шахте. Лодка приняла нелепейший вид какого-то трехбашенного замка. С ПЛ С-229 запускались опытные ракеты С4.1 с твердотопливными двигателями и С4.5 с жидкостными двигателями. К концу лета 1959 года уже знакомая нам ПЛ Б-67 прошла модернизацию под ракету С.4.7 с жидкостным двигателем.
Первый подводный старт с Б- 67 в августе 1959 года оказался неудачным. Лодка погрузилась на стартовую глубину. Находившиеся на опытном судне «Аэронавт» представители флота и промышленности ждали пуск. Время «Ч» прошло, по УКВ с «Аэронавта» запросили лодку, почему не выполнен старт и получили в ответ: «Старт состоялся». После всплытия Б-67 открыли шахту, где стояла нестартовавшая ракета, через несколько секунд произошел самопроизвольный запуск двигателя ракеты. Ракета сорвала крепления по-походному и ушла в небо. Причину аварийного старта установить не удалось. И следующая попытка подводного пуска с Б-67 состоялась почти через год 14 августа 1960 г. В ходе заполнения шахты водой последовал удар и лодку встряхнуло. Оказалось – ракету сбросили со стартового стола, головная часть ракеты была смята. Причиной аварии оказался заводской дефект в системе заполнения шахты водой.