Любая почтовая корреспонденция должна была посылаться по следующему адресу: "Служба инженерных войск Американских вооруженных сил. Почтовый ящик № 1539. Санта-Фе, Нью-Мексико". Агенты контрразведки вскрывали и проверяли корреспонденцию. Если семья ученого или служащего получала разрешение на проживание в Лос-Аламосе, она уже больше не могла его покинуть. Ученым дали другие фамилии и кодовые военные клички. У Гровса таких кличек было несколько, в частности "Утешение" и "99". Артур X. Комптон назывался "А. X. Комас" или иногда "А. Холли". Уильям С. Парсонс стал называться "Судьей", Нилъс Бор "Никола Бейкером", а Энрико Ферми - "Генри Фомером".
Лаборатория, в Нью-Мексико, расположенная на территории Лос-Аламоса, получила название "Участок Y", а газообогатительный завод в Ок-Ридже (штат Теннеси) - "К-25".
За три года до того как бомба появилась на свет, она уже носила различные названия: "Агрегат", "Устройство", "Штучка", "Существо". "S-1". Позднее урановая бомба, спроектированная по принципу орудийного ствола, была названа "Большой худышкой". Поскольку плутониевая бомба должна была иметь центральное сферическое ядро, необходимо было предусмотреть значительно более крупную оболочку снаряда, поэтому бомба получила название "Толстяк". Когда в дальнейшем было принято решение укоротить пушкообразную трубу "Большой худышки", бомба стала называться "Малышом".
В служебных помещениях и на многих частных квартирах были тайно установлены звукозаписывающие аппараты, а к ведущим специалистам приставлены так называемые телохранители, которые не спускали с них глаз.
Манхэттенский инженерный округ был отнесен к высокой категории по снабжению всем необходимым. Щедро финансируемый, он рос как на дрожжах. Спешно подыскивались земельные участки для новых предприятий и лабораторий.
Манхэттенский проект состоял из нескольких подпроектов, которыми руководили ученые-физики. Р. Оппенгеймер был главой Лос-Аламосской научной лаборатории. Э. Лоуренс заведовал лабораторией радиации Калифорнийского университета, названной впоследствии его именем. Там совершенствовался электромагнитный метод разделения изотопов урана; лаборатория служила опытным заводом для громадного предприятия Y-12 в Ок-Ридже, где была получена основная масса урана, взорванного над Хиросимой. Г. Юри и Дж. Даннинг руководили проектом Колумбийского университета, целью которого было создание завода газодиффузионного разделения изотопов урана-235 в Ок-Ридже. А. Комптон, Э. Ферми, Ю. Вигнер и другие, управляя сначала Металлургической лабораторией Чикагского университета, а затем лабораторией Х-10 в Ок-Ридже, заложили основы для конструирования и постройки больших промышленных реакторов в Хэнфорде (штат Вашингтон). В этих реакторах был получен плутоний для бомб, сброшенной на Нагасаки и испытанной в Аламогордо.