Впервые опубликовано в журнале «Отечественные записки» (1846. № 10), с подписью: Ф. Достоевский.
1 апреля 1846 г., через два месяца после выхода в свет «Двойника», Достоевский писал брату, что для задуманного Белинским (в связи с его предстоящим разрывом с Краевским и уходом из «Отечественных записок») альманаха «Левиафан» он пишет две повести: «Сбритые бакенбарды» и «Повесть об уничтоженных канцеляриях». С замыслом второго из названных произведений, которое в последующих письмах к брату (в отличие от повести «Сбритые бакенбарды») уже не упоминается, и связан сюжетно рассказ «Господин Прохарчин», являющийся видоизменением прежнего замысла. Об этом свидетельствует один из центральных его мотивов — рассказ об «уничтожении» канцелярии, в которой служил лишившийся вследствие этого места товарищ героя, «попрошайка-пьянчужка» Зимовейкин. Вызванные этим тревожные мысли Прохарчина о возможности закрытия и его канцелярии обнаруживают для героя всю непрочность его положения бедняка. «А она стоит, да и нет… — Нет! Да кто она-то? — Да она, канцелярия… кан-целя-рия!!! — Да, блаженный вы человек! да ведь она нужна, канцелярия-то… — Она нужна, слышь ты; и сегодня нужна, завтра нужна, а вот послезавтра как-нибудь там и не нужна…».
Как об начатом уже к этому времени произведении Достоевский упоминает о рассказе в письме к брату от 26 апреля 1846 г. Сообщая о скором приезде в Ревель, он пишет: «Я должен окончить одну повесть до отъезда, небольшую, за деньги, которые я забрал у Краевского, и тогда уже взять вперед денег»; Однако до отъезда (24 мая) повесть не была закончена. В письме от 16 мая 1846 г. Достоевский сообщал брату о ней:
«Я пишу и не вижу конца работе». Высказывая в связи с этим сомнение в том, что ему удастся получить от Краевского необходимые для отъезда из Петербурга деньги, он писал, что и самая поездка вряд ли состоится. Тем не менее Достоевскому удалось получить деньги у Краевского и провести лето в семье брата. Работа же над начатой повестью продолжалась и в Ревеле. Такой вывод можно сделать из письма Достоевского к брату от начала (января — февраля) 1847 г., где, вспоминая о «Прохарчине» и противопоставляя его «Хозяйке», писатель замечает, что «Прохарчиным» он «страдал все лето», так как работа над ним шла трудно, без «родника вдохновения, выбивающегося прямо из души». В Ревеле в июне — августе 1846 г. «Господин Прохарчин» был наконец закончен, прочитан брату и, возможно, еще до возвращения писателя в Петербург выслан Краевскому для напечатания в «Отечественных записках». Об этом свидетельствует письмо Достоевского к брату от 5 сентября 1846 г. Здесь он пишет о «Прохарчине» как о вещи хорошо известной М. М. Достоевскому и сообщает: «Был я и у Краевского. Он начал набирать „Прохарчина“; появится он в октябре».