Уже после сдачи в набор в составе материалов, предназначенных для октябрьской книжки «Отечественных записок», «Прохарчин» в первой половине сентября 1846 г. прошел через цензуру и при этом пострадал от цензурного вмешательства. Об этом Достоевский сообщал брату 17 сентября: «„Прохарчин“ страшно обезображен в известном месте. Эти господа известного места запретили даже слово чиновник, и бог знает из-за чего — уж и так все было слишком невинное — и вычеркнули его во всех местах. Все живое исчезло. Остался только скелет того, что я читал тебе. Отступаюсь от своей повести». Однако возможно, что некоторые из мест, которые были первоначально исключены цензурой, ему все же удалось отстоять: слово «чиновник», на исключение которого «во всех местах» жалуется Достоевский, трижды встречается в печатном тексте рассказа.
Образ полунищего чиновника, откладывающего свои деньги в «старый истертый тюфяк», мог быть подсказан Достоевскому заметкой «Необыкновенная скупость» о коллежском секретаре Н. Бровкине, нанимавшем, «за пять рублей ассигнациями в месяц, весьма тесный уголок у солдатки» на Васильевском острове и питавшемся «куском хлеба, с редькой или луком, и стаканом воды»; после смерти Бровкина, вызванной постоянным недоеданием, в его тюфяке хозяйкой был найден «капитал 1035 рублей 70 3/4 коп. серебром», представленный «местной полиции».1 Позднее другие аналогичные эпизоды, также извлеченные из газет и рисующие «призрачно-фантастические», по его «определению», образы «нового Гарпагона» или «нового Плюшкина», Достоевский пересказал в фельетоне «Петербургские сновидения в стихах и прозе» (о чиновнике Соловьеве, нанимавшем «грязный угол» за ширмой и оставившем после себя 169022 рубля кредитными билетами) и в романе «Подросток» (ч. 1, гл. 5; о «нищем, ходившем в отрепье», после смерти которого на волжском пароходе нашли 3000 кредитными билетами, и о другом, у которого полиция нашла 5000 рублей).
Связав зародившуюся у Прохарчина мысль о накоплении капитала с трагическим ощущением им непрочности положения «маленького человека», на которого со всех сторон ежеминутно надвигаются грозные опасности, вроде экзаменов, «уничтоженной» канцелярии или сдачи его в солдаты за вольнодумство, Достоевский продолжил разработку того комплекса социально-психологических проблем (в значительной степени связанных с идеями утопического социализма), который стоял в центре его внимания уже в «Бедных людях» и «Двойнике». Николаю I молва приписывала слова о том, что его бюрократическая система основана на правлении 5000 столоначальников. По предположению М. С. Альтмана, если вспомнить эту популярную в 1840-х годах фразу царя, напрашивается вывод, что за слухами о близости закрытия «канцелярий», в которых служат герои, в рассказе скрыта мысль о непрочности не только их личного существования, но также и самого николаевского режима. Это объясняет те цензурные затруднения, с которыми автор столкнулся при печатании рассказа.