Казалось, Пирогов легко и окончательно «покорил» Петербург. Но это только казалось.
Третьего марта 1841 года руководство академии донесло генералу Клейнмихелю о том, что «надворный советник Пирогов вступил в назначенную ему должность профессора». В хирургическом отделении Второго военно-сухопутного госпиталя, отданном Пирогову «во владение», его встретили муки больных, преступность начальства, смерть, смерть, смерть.
Было от чего прийти в ужас!..
Сырое каменное здание с холодным коридором. Дощатая стена, отделявшая коридор от улицы, промерзала зимой насквозь. Огромные палаты на шестьдесят-сто коек без какой-либо вентиляции. Чтобы проветрить помещения, открывали двери в ледяной коридор. Тогда в палаты несло из расположенных тут же отхожих мест. Госпиталь стоял на болоте, среди полузасыпанных, превращенных в гниющую свалку прудов и рытвин, в которых, не высыхая, зеленела густая зловонная жижа. Полы в хирургическом отделении были ниже уровня улиц.
Госпитальные начальники воровали в открытую. Подрядчики везли к ним на дом казенные продукты: больные голодали. Аптекари фунтами сбывали лекарства на сторону, больным не давали даже простейших средств или всучали подделки (бычью желчь вместо хинина, какое-то масло вместо рыбьего жира). Пирогов годами добивался лишнего флакона ляписа. Великому хирургу пеняли за большие издержки йодной настойки и предписывали «приостановить ее употребление». Ему приходилось доказывать, что больным нужно выдавать именно такое количество лекарств, какое он выписал, и что зола при всем желании аптекаря никак не может заменить наркотических средств. Из-за преступного небрежения госпитального начальства, сообщал Пирогов в одном из рапортов, больные целые дни оставались без лекарств, целые дня не имели клюквенного сока для питья, ляписа для прижигания язв. Пирогов тратил силы в неравной борьбе: не кучка преступников была перед ним — весь уклад тогдашней жизни, Россия Сквозник-Дмухановских, Ляпкиных-Тяпкиных, Чичиковых и Кувшинных рыл. Власть в госпитале предержащие крали не стесняясь; проигрывали в карты — и не беднели, копили деньгу — и приобретали. В госпитальной хирургической клинике «не было приспособлений», чтобы сделать больному ванну. Даже на десятом году работы Пирогов доносил, что все лекарства он получает в меньших, чем надо, количествах, причем в отчетах это не указывается.
Следуя мудровскому совету — лечить не только ножом, но и чистой простыней, мягкой подушкой, свежим воздухом, диетой, Пирогов указывал: «Всякий врач должен быть прежде всего убежден, что злоупотребления в таких предметах, как пища, питье, топливо, белье, лекарство и перевязочные средства, действуют так же разрушительно на здоровье раненых, как госпитальные миазмы и заразы».