Оставались еще десятилетия до открытия общепризнанных средств борьбы с раневой инфекцией, а Пирогов уже говорил о заражении ран через инструменты и руки хирурга, о перенесении заразы с одной раны на другую через предметы, с которыми соприкасаются больные. Он говорил о заразительности, «прилипчивости» многих заболеваний. Вскоре после прихода в академию он отделил больных пиемией, рожей, гангреной от остальных и разместил в особом деревянном флигеле. Больше того, он считал нужным «отделить совершенно весь персонал гангренозного отделения — врачей, сестер, фельдшеров и служителей, дать им и особые от других отделений перевязочные средства (корпию, бинты, тряпки) и особые хирургические инструменты». Пирогов запретил обтирать раны общими губками и приказал взамен поливать их из чайников (мера, введенная во Франции лишь через двадцать лет), боролся с изготовлением перевязочного материала из грязной ветоши и самими больными. Он требовал соблюдения гигиенических правил, поддержания чистоты, мытья рук. Первый упрек Пирогов, как всегда, обратил к себе: ведь и он, по восемь-девять часов не выбираясь из госпиталя, делал в одном и том же платье и перевязки, и операции, и вскрытия. Когда домашние заметили ему, что обшлага его фрака дурно пахнут, он признал с жестокой горечью: «Я сам был переносчиком заразы».
Как же она передается, страшная госпитальная зараза? Пирогов не переставал об этом думать. Ему не свойственно отбивать одну мысль от другой жирными самодовольными точками. Он предпочитал вопросительные знаки. Всякая мысль была для него продолжением предыдущей и началом следующей. Его идеи жили с ним долгие годы: подобно дереву, росли, развивались вглубь, ввысь, вширь. Со временем «обрастал мясом» и ответ на вопрос: «Как же передается заражение?» Раньше Пастера и Листера заговорил Пирогов о живых возбудителях: миазма (термин «микроб» появился позже) «есть органическое, способное развиваться и возобновляться». Он советовал даже с помощью микроскопа исследовать чистоту перевязочного материала. Теория всегда шла у Пирогова рядом с практикой. Размышления о госпитальной миазме вызвали к жизни целую систему приемов противогнилостного лечения и профилактики в хирургии; в итоге «хирургические казни»: пиемия, гангрена, рожа, а вместе с ними и неизбежная их страшная спутница — смерть — начали отступать.
По утрам Пирогов обходил палаты. За ним следовали врачи и студенты, а также десять фельдшеров со свечами в руках и полотенцами через плечо. Торжественное шествие! Но не триумфальный марш. Война Пирогова с госпитальной администрацией — упорный бой за каждую позицию, жестокая схватка в каждой траншее. Нужно было немало сил духовных, чтобы не уйти с поля сражения, не выбросить белый флаг.