Трагедия Савонаролы означала поражение и итальянской церковной реформы. Сопровождавшаяся революцией бедняков церковная реформа не вышла за стены Флоренции, потому что ее аскетизм и радикализм не соответствовали интересам итальянской торговой буржуазии. Смерть Савонаролы также не вызвала особого потрясения, не стала возбудителем широкого народного движения, как в свое время мученическая смерть Яна Гуса. В основе же противостояния Савонаролы и папы были не религиозные, а политические причины. Повернувший против французов папа хотел приобрести для Священной лиги и Флоренцию, но та, опасаясь за свою самостоятельность, больше верила в союз с французами. Когда же Карл VIII потерпел поражение в Италии, Флоренция выдала папе Савонаролу.
Новый французский король, Людовик XII (1498–1515), успешно развалил Священную лигу и заключил союз с Венецией против Габсбургов и папы. Французская армия заняла Милан. Начиная с этого времени в противостоящих французам союзных группировках происходили весьма частые изменения. Итальянские города и папа принимали сторону тех, кто менее других был опасен для их самостоятельности. Так, на рубеже XV и XVI веков в Неаполе появились испанцы, а в Ломбардии — французы. Александр VI не испытывал симпатии ни к тем, ни к другим. Но когда вновь верх взяли Габсбурги, он заключил союз с побежденным Людовиком XII. Теперь он снова попытался при поддержке французов создать для Чезаре королевство Средней Италии. Конечной целью папы и Чезаре было установление под господством Борджа и с опорой на папскую власть политического единства всей Италии.
В 1503 году Чезаре Борджа, будучи, по существу, истинным господином Церковного государства, сделал попытку секуляризировать его и основать под своим владычеством единую Италию. Сам Чезаре хотел поскорее стать папой, чтобы быстрее и легче достичь своей цели. К этому времени стало очевидным, что Церковное государство является главным препятствием на пути создания итальянского национального государства. Единая Италия была немыслима под руководством пап, так как государство церкви не может быть частью национального государства. Если же во главе устремлений к единству становится папа или его семья, то неизбежна секуляризация, неизбежно превращение Церковного государства в светское. Чезаре был не только реальным политиком, но и щедрым меценатом искусств; так, у него на службе находился и Леонардо да Винчи. Однако устремлениям Борджа не суждено было осуществиться из-за растущей самостоятельности городов-государств; буржуазное развитие Италии продолжало проявляться не в рамках единого национального государственного образования, а в рамках городов-государств.