Иезуиты стали ведущим католическим фактором эпохи благодаря тому, что они адаптировали теоретический и практическо-методологический опыт и успехи Реформации для католической церкви, а протестантов хотели победить их же оружием, и не без успеха. Основной целью деятельности иезуитов было приостановить, а потом и повернуть вспять секуляризацию общества и церкви. Тем самым они, по существу, заняли позицию против объективного исторического процесса.
Подготовка католицизма к борьбе против Реформации на оборонительной стадии ознаменовалась прежде всего реорганизацией папской инквизиции; эта реорганизация вписывалась в реформу по централизации всего папского управления. А для того, чтобы папская церковь могла без опасений принять бой против Реформации, необходимо было укрепить ее внутреннее единство. Теологическое обоснование этого взял потом на себя Тридентский собор, но и до этого уже началась административная расправа с явными «лжеучениями». Спустя несколько десятилетий папская инквизиция станет устрашающим орудием контрреформации.
Реорганизация инквизиции протекала внутри кардинальского корпуса. Папа Павел III своей буллой «Licet ab initio» от 21 июля 1542 года учредил в Риме Центральный инквизиционный трибунал (позднее получивший название «Священная канцелярия»). Этот орган — первая кардинальская Конгрегация святой инквизиции, во главе которой стоял кардинал — великий инквизитор. Подлинным основателем папской инквизиции был кардинал Карафа. Ставший из доминиканца испанским кардиналом, он воссоединил средневековую доминиканскую инквизицию с испанской государственной инквизицией. Он воспринял от нее практикуемые ею страшные методы пыток и, пожалуй, еще более страшные психологические методы убийства человеческой души. Кардинал Карафа был мрачным вершителем правосудия, строгим и безжалостным в выносимых им приговорах, непреклонным в своих суждениях. Он предложил учреждение в Риме Священной канцелярии, а также идею, чтобы папа сделал инквизицию центральным органом церковного управления. В этом его поддерживали Лойола и иезуиты. Конгрегацией святой инквизиции руководили шесть великих инквизиторов во главе с кардиналом — великим инквизитором Карафой.
Папская инквизиция имела право судить каждого, невзирая на ранг и происхождение, могла выносить смертные приговоры, помилование по которым осуществлял только папа. Сутью инквизиции было то, что она могла делать все, принимать любые распоряжения ради того, чтобы сдержать, остановить Реформацию, истребить ее, более того — жестоко покарать каждое отклонение от католических догм. Таким образом, обвинения в еретичестве путем тайных и анонимных доносов стали средством политической, экономической или личной мести.