Инквизицию поддерживали в ее действиях международные карательные органы. Устрашающий пример в этом отношении показало Папское государство. В Риме на площади перед храмом Санта Мария алла Минерва было определено место для аутодафе. (Испанское выражение, означающее «акт веры». Торжественное оглашение приговора инквизиционного трибунала происходило в присутствии церковных и светских властей. Во время следовавшего за этим исполнения приговора — что являлось задачей светской власти — зрители, как того требовала инквизиция, периодически громко возглашали свою приверженность истинности церковного учения.) В Венеции вместо широко распространенного сожжения еретиков на кострах избрали более дешевую казнь — утопление в воде. Осужденных вывозили на двух барках в открытое море. Обе барки плыли плотно рядом одна с другой. Между ними помещался мостик. На него сажали связанных осужденных; затем обе барки начинали грести в противоположном направлении, мостик падал в воду, а вместе с ним и несчастные осужденные, которые тут же шли ко дну.
В 1543 году Карафа распорядился, чтобы печатание книг осуществлялось только после предварительного просмотра и разрешения инквизиции. Тем самым было положено начало институту церковной цензуры книгопечатания.
После создания таких предпосылок в ноябре 1544 года Павел III издал буллу «Laetare Jerusalem», в которой объявил о созыве 15 марта 1545 года в приграничном между германской и итальянской территориями городе Тридент вселенского собора. Однако собор был созван лишь в декабре 1545 года. Заседаниями собора руководили по очереди три кардинала-легата. Во время открытия присутствовал всего 31 епископ и только постепенно стали съезжаться остальные участники собора.
Этот собор уже не был общеевропейским конгрессом, как, например, Констанцский вселенский собор. Большая часть присутствовавших на нем отцов-кардиналов прибыла из Италии и Испании. Духовная атмосфера совещаний в сильной степени определялась влиянием иезуитов. Правом голоса на соборе пользовались только епископы и руководители монашеских орденов. Совещания проходили на трех уровнях:
1) в теологической подготовительной комиссии (с участием не пользующихся правом голоса докторов) подготавливались декреты;
2) соборные отцы обсуждали их на общем заседании и формировали мнение большинства;
3) на торжественном заседании декреты провозглашались.
Первый период Тридентского собора длился с декабря 1545 года по июль 1547-го. Созывавшая собор булла следующим образом обозначила его задачи: ясное определение понятия католической веры; реформа церкви; восстановление внутрирелигиозного мира. Главной целью папы была скорейшая догматизация католического учения, чтобы тем самым рассеять внутри католической церкви неуверенность, вызванную реформаторами веры. Павел III считал догматическую и организационную консолидацию церкви под верховенством папы исходным пунктом для разработки реформ и для выяснения отношения к протестантам. (Тем самым он априори хотел исключить возможность того, что реформы будут направлены против папского абсолютизма и что дело может дойти до компромисса с протестантами.) Император же, напротив, ставил во главу угла быстрейшее восстановление единства с протестантами (поскольку это означало бы и политическое единство империи); поэтому он хотел сначала обсудить реформы, которые облегчали бы компромисс.