В конце концов победила точка зрения папы. Сначала обсуждали спорные теологические воззрения и догматизировали католическую точку зрения. Было подчеркнуто то, что разделяло, и отвергнуто то, что давало возможность к сближению. Формально все это не выглядело нападками: решали не то, кто является еретиком и что есть ересь, а просто были определены границы истинного учения церкви. Была подчеркнута незыблемость иерархии, традиций, церковных таинств. Особо подчеркивалась посредническо-спасительная функция церкви. Было подтверждено и закреплено все, что хотели низвергнуть протестанты.
Сначала собор, точно так же как и Реформация, исходил из уяснения источников веры. Как выявилось, и в этом основном вопросе он был непреклонен. Он отверг основной принцип реформаторов, что только Библия — источник веры, и тем самым утверждал, что священное предание (догматы и каноны, существующие со времен древнего христианства) — суть категории одного ранга с ней. Он подтверждал церковное главенство папы, институт священнослужителей, целибат, мессу, порядок исповеди — на ухо, поклонение святым. В центре теологических дискуссий на соборе стояло учение о Спасении и милости Божьей, то есть то, что в наибольшей степени отделяло папскую церковь от Реформации. Он установил, что Спасение дается людям благодаря заслугам Христа, но вера — это только врата, открывающие путь к спасению. Для достижения этого необходимы посредничество церкви и активная религиозность, благодеяния. Так учением о первородном грехе, об оправдании верой и о семи таинствах, предоставляемых церковью, была подтверждена и закреплена вся догматическая (и организационная) структура феодальной церкви. Разрыв с протестантами стал окончательным, и собор заявил: «Видимая церковь — одновременно истинная, которую называли невидимой. Религиозную суть вне своей сферы она не признает и не может признать».
Соглашение с протестантами становится все более нереальным и вследствие сложившихся политико-государственных условий. В 1546 году параллельно с собором начался военный поход императора против Шмалькальденского союза. Папа деньгами и войсками поспешил на помощь императору. Весной 1547 года Карл V победил протестантских князей, оружием сломив размах Реформации. Теперь уже он потребовал от папы и от собора, чтобы они осуществили церковную реформу, обеспечив привилегии епископов и ограничив папский абсолютизм. Требования императора поддержали также испанские епископы. Тогда папа, желая вывести собор из-под влияния императора, перенес заседания в Болонью. Выяснилось, что для папы по-прежнему важнее, как обстоят дела в отношении собственной власти, за которую он опасался в связи с возросшим авторитетом императора, нежели реформа церкви и восстановление мира. Этот шаг папы расколол собор на две партии, и проимператорская партия отцов-кардиналов осталась в Триденте. В конце концов папа Павел III в 1549 году распустил собор.